Mots-Clés

ARN Nanopore modifications NGS

Description

Cette offre de CDD s'inscrit dans le cadre du projet epiRNA financé par l'I2BC, en tant que programme prioritaire. Ce programme a pour objectif de développer des outils d'analyse OMICS pour étudier les modifications d'ARN. Il réunit un consortium d'équipes spécialisées dans l'étude des ARN et des plateformes.

Les missions seront organisées autour de deux axes :
• Dans le cadre du programme epiRNA : l'ingénieur.e participera à un projet de recherche visant à mettre en place les outils pour l'analyse de modifications d'ARN issues de données ONT (Séquençage ARN direct) au sein de l'institut. Il s'agira notamment de définir, tester et mettre en place un pipeline d'analyse pour la détection de bases modifiées à partir de séquençage d'ARN direct.
• Dans le cadre des activités de service de la plateforme : l'ingénieur.e participera à la mise en place de projets, au traitement et à l'analyse bioinformatique des données issues de projets des utilisateurs.

(Voir l'annonce sur le portail emploi du CNRS pour plus de détails sur les Activités/Compétences requises)

Contexte de travail:

L'I2BC est une très grande unité mixte de recherche CNRS, CEA et Université Paris Saclay créée depuis le 1er janvier 2015. L'unité a un effectif moyen de près de 650 personnes réparties entre 5 départements scientifiques, 61 équipes de recherche, 15 plateformes technologiques de haut niveau et 12 services support et soutien.
Le programme epiRNA, est un programme transverse majeur de l'I2BC qui appartient à l'axe scientifique N°2 (traitement de l'information génétique et ses dysfonctionnements). Le programme regroupe six équipes et trois plateformes autour de la thématique des modifications de nucléotides dans les ARN. Notre objectif est de développer différentes approches méthodologiques pour, dans un premier temps, identifier et quantifier les modifications présentes au sein de différents ARN cellulaires, pour ensuite comprendre leur importance physiologique.

La plateforme de séquençage de l'I2BC
Depuis sa création en 2010, la plateforme de séquençage à haut débit de l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule a pour mission d'offrir à l'ensemble de la communauté scientifique des activités de service et de soutien à la recherche dans le domaine du séquençage à haut débit et de ses applications.
Basée sur le campus CNRS de Gif-sur-Yvette, au sein de la communauté scientifique de Paris-Saclay, la plateforme réalise environ 200 projets/an depuis leur conception en collaboration avec les utilisateurs jusqu'à leur analyse bioinformatique et le rendu des résultats. Elle est totalement ouverte aux communautés académiques et industrielles et réalise une grande variété de projets basés sur la technologie Illumina, et depuis quelques années sur les technologies Oxford Nanopore (ONT) ou 10X Genomics.
Investie dans la technologie de séquençage ONT depuis ses débuts, la plateforme a développé une solide expertise en traitement et analyse de ces données.