Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

bioinformatique microbiologie environnement metagenomique

Description

Contexte scientifique : Le projet METACLOUD (https://drv.uca.fr/ingenieriebr-de-projets/projets-finances/projets-en-cours/metacloud) a pour objectif d’améliorer la connaissance fondamentale de l’écosystème nuageux, sur les plans chimique et biologique, et spécifiquement d’évaluer le rôle du métabolisme microbien dans la chimie des composés à un atome de carbone (C1). Ceci sera réalisé par l’obtention de données de « méta-génomique » et de méta-transcriptomique » pour élucider les réseaux métaboliques du microbiome du nuage et de leurs variations face à des scénarios atmosphériques contrastés. Ceci permettra de révéler la dynamique du système par rapport à un répertoire de voies métaboliques potentielles de biodégradation de composés en C1, et permettra leur prise en compte dans un nouveau modèle de chimie atmosphérique.

Missions : La personne recrutée sera en charge de l’analyse bioinformatique des données de « méta-transcriptomique » des expériences d’incubation de micro-organismes effectuées selon deux scénarios mimant les conditions atmosphériques (nuit d’hiver, journée d’été). Les métabolites ainsi que les ARNm extraits des micro-organismes lors de ces incubations seront analysés par métabolomique, fluxomique et transcriptomique en collaboration avec les autres partenaires du projet. Une mission complémentaire sera l’analyse de données de « méta-génomique » d’échantillons atmosphériques (eau de nuage, pluie, aérosol ou neige) de campagnes de terrain, notamment au sommet du puy de Dôme.

Profil souhaité :

• Solides connaissances théoriques et pratiques en analyse bioinformatique de données «  omiques » de communautés microbiennes ;

• Aptitude à travailler en équipe, notamment dans un contexte interdisciplinaire (microbiologie, chimie, physique) ;

• Autonomie (organisation du travail, présentation des résultats, rédaction de rapports et de publications) ;

• Des connaissances du métabolisme, notamment de composés en C1, seront un plus.

Informations générales: Nous offrons un salaire et des avantages sociaux conformément à la réglementation du secteur public français. La recherche à l'Université de Strasbourg couvre tous les domaines scientifiques et encourage les collaborations interdisciplinaires et internationales. Située au cœur de l'Europe dans une région trinationale à l'activité économique dynamique, Strasbourg est une ville pionnière en matière de protection de l'environnement en France et un lieu de vie très agréable.