Mots-Clés

bioinformatics genomics single cell

Description

Missions

Analyse de données transcriptomique (bulk et single-cell RNAseq) dans le cadre de projets étudiant la régénération et la réponse antivirale de l'épithélium des voies respiratoires.

Mise en œuvre et amélioration des pipelines d'analyse déjà existants dans l'équipe.

Veille technologique afin d'évaluer de nouveaux pipelines.

Activités

Choisir et adapter les pipelines d'analyse transcriptomiques sur cellule unique et en « bulk RNAseq » aux questions biologiques posées par l'équipe de recherche

Analyser les résultats provenant des chercheurs de l'équipe et les replacer dans le contexte des résultats obtenus par d'autres équipes

Gérer les projets conjointement avec les chercheurs et doctorants de l'équipe

Rédiger des rapports d'expérience

Participer à la veille scientifique et technologique sur les analyses de données transcriptomique.

Participer à la démarche qualité de l'équipe (certifiée ISO9001 et NFX50-900)

Compétences

• Connaissances éprouvées en analyse transcriptomique

• Biologie (connaissance approfondie)

• Langue anglaise: >B2 (cadre européen commun de référence des langues)

• Mettre en œuvre des pipelines d'analyse transcriptomique sous R

• La maitrise de Python est un plus

• Aptitude à la communication orale et écrite (français/anglais)

• Capacité à travailler en étroite collaboration avec les différents collaborateurs français et étrangers du domaine.

Contexte de travail

Le poste est à pourvoir au sein de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire à Valbonne – Sophia Antipolis (Alpes Maritimes). L'IPMC regroupe 20 équipes de recherche et des services communs pour un effectif global de plus de 220 personnes. La personne recrutée travaillera au sein de l'équipe de recherche "Génomique physiologique des Eucaryotes", dirigée par le Dr. Pascal Barbry, sur des projets menés par le Dr. Laure-Emmanuelle Zaragosi. L'équipe, qui développe une approche de biologie quantitative, associe expérimentalistes et bio-informaticiens. C'est la première équipe française à avoir été impliquée dans le consortium international Human Cell Atlas. Elle travaille de manière étroite avec la plateforme de génomique de l'IPMC, UCAGenomiX.

Référence : UMR7275-PASBAR-007