Analyse de l'architecture 3D des chromsomes

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   Museum National d'Histoire Naturelle MNHN · Paris (France)

 Date de prise de poste : 1 janvier 2022

Mots-Clés

Analyse d'image quantitative, Hi-C, Structure 3D du génome, séquences répétées

Description

Stage de M2 Analyse de données 3D génome Stage en analyse de données sur l’organisation 3D du génome humain. L’équipe ARChE étudie le repliement tridimensionnel du génome dans les cellules, en portant une attention particulière aux potentiels rôles des séquences répétées. Elles composent 70% des séquences génomiques et pourtant sont peu étudiées. Nous avons récemment montré que ces séquences étaient impliquées dans le repliement 3D du génome (Cournac et al, 2016). Nous avons depuis développé une expertise reconnue dans les différentes techniques expérimentales qui permettent déterminer ce repliement, qu’elles soient basées sur le séquençage ADN (Hi-C) ou sur la microscopie (FISH). Nous avons notamment, et pour la première fois, conçu des sondes fluorescentes capables de visualiser en 3D les compartiments actifs et inactifs du génome, un niveau structural à grande échelle, la clef de voûte des mécanismes de différenciation cellulaire. Notre objectif et d’utiliser cet outil, couplé au Hi-C pour déterminer l’organisation 3D des compartiment génomiques dans trois contextes différents: au cours du cycle cellulaire dans différents types cellulaires lors d’un screen de molécules connues pour modifier le contexte épigénétique des chromosomes. La production de ces données implique un besoin fort en analyse quantitative d'image de microscopie ainsi que de données de séquençage haut débit. Tout particulièrement, nous aimerions mettre en place sur ce projet de stage de nouvelles méthodes pour l'intégration des résultats issus de l ‘imagerie et du séquençage. Le recrutement récent de J. Mozziconacci, professeur en analyse de données et expert dans ce domaine, garantit un encadrement de l’étudiant recruté de haute qualité scientifique.

The 3D folding of metazoan genomes correlates with the association of similar repetitive elements A Cournac, R Koszul, J Mozziconacci - Nucleic acids research, 2016

Candidature

Procédure : Envoyer un email a Julien Mozziconacci

Date limite : 1 décembre 2021

Contacts

Pr Julien Mozziconacci

 juNOSPAMlien.mozziconacci@mnhn.fr

Offre publiée le 6 septembre 2021, affichage jusqu'au 1 décembre 2021