Mots-Clés

cancer bioinoformatics NGS pipeline analysis

Description

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé
des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12
Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels
administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le
vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et
l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin
de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail,
reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses
pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.

Structure d’accueil

A propos de la Structure

Forte de plus de 75 personnes, l’Unité INSERM U1218 ACTION s’appuie sur son
intégration à l’Institut Bergonié pour développer la recherche translationnelle grâce à
ses chercheurs fondamentaux en lien avec les équipes cliniques.

Directeur/ Directrice

Pierre-Louis Soubeyran

Délégation Régionale

Délégation Régionale Inserm Nouvelle-Aquitaine

Description du poste

Mission principale

La personne recrutée aura pour mission l’analyse de données de génétique et biologie des
cancers dans le cadre d’un protocole clinique national.

Le/la candidat(e) sera en charge de l’identification de nouvelles stratégies et méthodologies
d’analyse pour l’interprétation des données biologiques.

Activités principales

• Développer et maintenir des pipelines d’analyse de données génétiques ;
• Développer des modules d’analyse en support des activités d’interprétation de données
  génétiques, génomique et transcriptomique menées par les équipes de biologie moléculaire ;
• Participer aux réunions de concertation pluridisciplinaires dans le cadre de l’analyse des
  patients inclus dans le protocole clinique ;
• Développer des pipelines d’analyse dans l’environnement Linux ;
• Réaliser le traitement des données ;
• Organiser la mise en forme, le stockage des données ;
• Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité ;
• Mettre en place et optimiser des procédures de recueil et de contrôle des données ;
• Appliquer les règles en vigueur de la déontologie, l’éthique, les bonnes pratiques cliniques et épidémiologiques.

Connaissances

• Connaissances approfondies des outils et des méthodologies de QC, alignement et
  annotation des séquences issues des technologies de l’ExomeSeq et de RNAseq ;
• Maîtrise de l’environnement Linux, du language Bash ;
• Connaissance du logiciel SLURM pour la gestion de tâches dans une architecture de calcul HPC ;
• Connaissances approfondies du langage de programmation R/DplyR, et Python ;
• Maîtrise des méthodes d’analyse statistique et de visualisation de données ;
• Connaissances des concepts et terminologies de la biologie et de la génétique des tumeurs (réseaux de régulations, mutations somatique, altérations de nombre de copie chromosomique, gènes de fusion, etc...).

Savoir-faire

• Savoir communiquer des résultats bio-informatiques dans un langage compréhensible pour les équipes de biologie moléculaire ;
• Concevoir, exécuter et suivre un plan d’activités bio-informatiques ;
• Débogage et documentation du code ;
• Gestion de la Version du code avec GIT.

Aptitudes

• Capacités d’écoute ;
• Savoir communiquer ;
• Esprit d’équipe ;
• Rigueur.

Expérience(s) souhaité(s)

• Expérience dans un poste similaire de 2 à 3 ans

Niveau de diplôme et formation(s)

• Diplôme de niveau 6 dans le domaine exigé
• Bac +5 dans le domaine bio-informatique, informatique ou équivalent souhaité