Mots-Clés

bioinformatics bioschemas opendata

Description

Missions

Activités

- Faciliter le déploiement des standards Bioschemas au sein des outils FAIDARE, Orphanet, Bio.Tools en lien étroit avec les équipes de développement.
- Concevoir, développer, étendre, des outils de moissonnage automatique (crawlers) de métadonnées et proposer des requêtes combinant plusieurs types de métadonnées au service des communautés de l'IFB.
- Participer à la vie du projet open source Bioschemas (site web, GitHub) et au développement de ses standards en lien avec Schema.org, dans le cadre de l'infrastructure européenne Elixir.
- Implémenter les standards de métadonnées Bioschemas au sein des outils FAIDARE, Orphanet, Bio.Tools en lien étroit avec les équipes de développement.
- Participer à l'évolution de ces standards.
- Proposer des requêtes combinant plusieurs types de métadonnées au service des communautés de l'IFB.
- Documenter les codes sources et requêtes développés.
- Proposer du matériel de formation et participer à l'organisation de formations autour de l'annotation et de l'indexation de ressources web en sciences de la vie.

Compétences

> Formation Informaticien de niveau minimum Bac + 5 (Master, Master Pro, ingénieur, ...) ou expérience équivalente.Une formation de bioinformaticien avec une forte composante en développement logiciel pourra également convenir.

Expérience 

• De très bonnes connaissances en développement logiciel
• Expérience en développement web ou de base de données est un plus.
• Une expérience dans le développement collaboratif de ressources ouvertes est également un plus.
  

Connaissances et aptitudes professionnelles

• Capacités d'abstraction et de modélisation
• Conception et qualité logicielle (Model/Test Driven Development)
• Maîtrise d'un des langages de programmation: Java, Python
• Connaissance de git pour le développement collaboratif
• Intérêt pour les bonnes pratiques, et les approches "intégration continue"
• Connaissance des formats et protocoles d'échange de données sur le web (e.g. -JSON, JSON-LD, YAML, HTTP)
• Capacité de synthèse et rédactionnelle, curiosité, initiative, sens de l'organisation et du travail en équipe
• Bonne maîtrise de l'anglais oral et écrit
• Capacités de travail à distance

Connaissances additionnelles appréciées

• modélisation et représentation des connaissances
• standards et technologies du web sémantique (OWL, RDF, JSON-LD)
• Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
  
  

Contexte de travail 

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 35 plateformes régionales et équipes associées, ainsi qu'une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).

L'IFB a pour missions : (1) de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …) ; (2) de répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins ; (3) d'anticiper les futurs développements du domaine ; (4) d'assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ; (5) de favoriser l'engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ; (6) d'assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel; (7) d'assurer le lien entre les activités des bioinformaticiens Français et celles de l'infrastructure européenne ELIXIR.

Dans le cadre de ces missions, l'IFB (www.france-bioinformatique.fr) participe à l'initiative internationale Bioschemas, qui vise à faciliter la découverte et l'indexation des données, outils logiciels, matériels de formations, entités biologiques dans le domaine des sciences de la vie.

La personne recrutée sera affectée à l'UMS CNRS 3601 IFB- et sera accueillie sur l'un des sites d'implantation de l'IFB suivants: Plateforme BiRD (Nantes).

La personne s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera aux groupes de travail de l'IFB pertinents pour sa mission. Le travail sera réalisé sur site et en télétravail. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions de travail, des formations ou des événements scientifiques.

L'ensemble de ces missions seront menées dans un environnement collaboratif et international, une bonne maîtrise de l'anglais et de bonnes capacités de communication et de travail en équipe sont essentielles.


Contraintes et risques

> Ce poste nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour des réunions de travail sur Bioschemas.