Étude de la variabilité de la méthylation de l’ADN chez des populations naturelles de Peuplier noir

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   UMR INRAE BioForA - Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des arbres et de la forêt · Orléans Cedex 2 (France)  555 € par mois (soit 3.90 € de l’heure)

 Date de prise de poste : 1 janvier 2022

Mots-Clés

Epigénome Adaptation locale Analyses statistiques

Description

Intitulé du stage M2 ou de fin d’études

Étude de la variabilité de la méthylation de l’ADN chez des populations naturelles de Peupliers noirs.

Description

Plus d’informations sur le profil et sur le projet EpiTree.

Contexte scientifique et enjeux

Pour comprendre les impacts des changements climatiques sur les écosystèmes et en particulier les systèmes forestiers, nous souhaitons étudier les impacts évolutifs et fonctionnels des variations épigénétiques chez des populations naturelles de peuplier (Populus nigra). C'est un objectif majeur du projet ANR EpiTree (ANR-17-CE32-0009) dans lequel s'inscrit ce stage et qui vise à étudier l'impact de la méthylation de l'ADN, de l'expression des gènes et de la variation allélique dans les mécanismes d'adaptation des arbres à l'environnement local.

Objectif et plan de recherche

L'objectif du stage est d'étudier les variations du niveau de la méthylation de l’ADN dans un ensemble de peupliers noirs originaires de populations naturelles. Un séquençage en WGBS (Whole Genome Bisulfite Sequencing) a préalablement été réalisé sur 20 individus et a permis l'identification de 24Mb de régions d'intérêt (zones hypo- / hyper-méthylées, gènes candidats). Ces régions ont été séquencées chez 241 peupliers provenant de populations naturelles selon un protocole de capture methyl-seq. Un pipeline de détection a déjà été mis en place pour identifier et quantifier la méthylation de l’ADN à partir des séquences en distinguant les 3 contextes de méthylation CG, CHG et CHH. L'enjeu du stage proposé sera donc dans un premier temps de mettre en forme, d’explorer et de pré-traiter les données issues de ce pipeline afin notamment de corriger d’éventuels biais expérimentaux et ainsi de pouvoir dans un deuxième temps pleinement les analyser.

La seconde partie du stage sera de réaliser une analyse intégrative (Environnement Génome, Méthylome, Transcriptome, Phénotypes) afin d’étudier l’impact des variations de méthylation dans les mécanismes d'adaptation des arbres à l'environnement local. Pour cela, des approches comme l’identification de loci associés à la variation de méthylation (meQTL), des corrélations deux à deux entre méthylation et transcription ou méthylation et phénotypes ou encore des corrélations canoniques généralisées seront développées au cours de ce stage.

Techniques

Le travail consistera principalement à développer des codes, à l’aide de codes préexistants, afin d’analyser et de visualiser les interactions Environnement / Génome / Méthylation / Expression de gène / Phénotypes. Ce travail nécessitera l’utilisation de langages de programmation pour la manipulation et l'analyse statistique (R) des données. Enfin, l'encadrement de ce stage étant réalisé sur 2 sites distincts (BioForA et AGAP) et le lieu du stage se situant à Orléans, de bonnes capacités de communication seront essentielles tout comme une capacité à travailler en collaboration.

Résultats attendus

Ce travail devrait permettre d'identifier les liens entre l’épigénome, le génome, le transcriptome et les caractéristiques phénotypiques et environnementales des individus et des populations naturelles. Il est également envisagé une valorisation par une publication à la suite de cette étude.

Contacts

Harold Duruflé (BioForA) - harold.durufle@inrae.fr

Odile Rogier (BioForA) - odile.rogier@inrae.fr

Vincent Segura (AGAP) - vincent.segura@inrae.fr

Candidature

Procédure : Merci d'envoyer un CV et une lettre de motivation à ces 3 adresses le plus rapidement possible (deadline : 19/11/2021).

Date limite : 19 novembre 2021

Contacts

Harold Duruflé (BioForA), Odile Rogier (BioForA) et Vincent Segura (AGAP)

 haNOSPAMrold.durufle@inrae.fr

 https://www6.inrae.fr/epitree-project/Actualites2/Offres-d-emploi

Offre publiée le 10 septembre 2021, affichage jusqu'au 31 décembre 2021