Mots-Clés

maladies infectieuses virales NGS génomique phylogénétique phylodynamique épidémiologie évolution

Description

Contexte : 
Avec le développement des techniques de séquençage haut-débit et d’outils de bio-informatique, l’épidémiologie génomique (épidémiologie moléculaire basée sur des données de génomes complets) a connu un essor spectaculaire ces dernières années et a démontré son utilité en santé humaine dans la compréhension des dynamiques de transmission et de circulation de nombreuses maladies infectieuses. Elle est une source d'information critique pour comprendre l'émergence des pathogènes, leur diffusion et mesurer l'impact de leur gestion. Cependant les applications sont encore rares en santé vétérinaires. Les recherches que nous menons au laboratoire ont pour objectif d’étudier le potentiel de l’épidémiologie génomique pour la prévention et la lutte contre les agents pathogènes vétérinaires.

Objectifs scientifiques : 
L’objectif de la thèse est de mener des études d’épidémiologie génomique sur différents agents pathogènes viraux d’importance sanitaire, responsables de maladies abortives et respiratoires chez les bovins. Il s’agira dans un premier temps (i) de développer des outils moléculaires facilitant le séquençage génomique à grande échelle des virus d'intérêt. Ces outils moléculaires auront le potentiel d’être transférables aux acteurs impliqués dans la surveillance de ces pathogènes. Les génomes obtenus permettront ensuite (ii) d’étudier la diversité génétique de ces virus pour comprendre leur épidémiologie. Une modélisation phylodynamique permettra, en se basant sur les données génomiques et à la lumière des métadonnées disponibles (ex : localisation, structures, densités et mouvements des hôtes, contexte épidémiologique, modalités de gestion mises en place, etc.), de reconstruire d’une part leur transmission spatio-temporelle, et d’autre part, de tester a posteriori l'impact de facteurs environnementaux et anthropiques sur les taux de dispersion des lignées. Le doctorant pourra bénéficier des interactions que nous développons avec l’UMR INRAE BIOEPAR et plus largement le réseau PhyloMAP (réseau INRAE de recherche en phylodynamique et épidémiologie moléculaire), pour participer à l’intégration d’une modélisation épidémiologique plus mécaniste pour enrichir les analyses génétiques et comprendre comment d’autres paramètres comme la structure du commerce des bovins (mouvements) influencent la transmission de ces pathogènes. Enfin les résultats obtenus permettront (iii) de suivre l’impact des mesures de luttes sanitaires contre ces pathogènes et d’améliorer les outils d’aide à la décision pour la prévention de la circulation de ces maladies en France.

Modèles d’études : 
1) Le virus de la diarrhée virale bovine (BVD). Ce virus est endémique dans la plupart des pays producteurs de bovins et peut induire des signes cliniques très variés et des pertes de productions multiples (avortements, mortalités néonatales, diarrhée chez les veaux…). Il fait l’objet d'un plan d'éradication en France depuis 2019. Dans ce contexte et dans le cadre d'un projet impliquant des collègues de l'unité BIOEPAR et des partenaires de terrain, nous avons mis en place un protocole qui a déjà permis de récupérer plus de >750 échantillons positifs et qui nous permettra de suivre l'impact du plan d'éradication pendant la thèse.
2) Le virus respiratoire syncytial bovin (BRSV) est considéré comme l’un des virus les plus pathogènes auquel le bovin est sensible. C’est un agent fréquent de BPIE (Broncho-pneumonie infectieuse enzootique) chez les jeunes bovins. L'étude de ce virus est d'autant plus intéressante qu'INRAE travaille au développement d’un nouvel outil de vaccination ciblant ce virus (projet SAPHIR).

Profil du candidat :
-Titulaire d’un master 2 en bio-informatique, en microbiologie ou en épidémiologie
-Intérêts pour la surveillance et la gestion des maladies infectieuses et en particulier des maladies vétérinaires
-Compétence dans l’analyse moléculaire de jeux de données de séquences, bio-informatique
-Appétence nécessaire pour la biologie moléculaire et technologie de séquençage haut-débit
-Compétences organisationnelles et de communication écrite et orale, notamment en Anglais.