Mots-Clés

génomique, tumeurs hypophysaires, transcriptome

Description

caractérisation transcriptomique de formes particulières de tumeurs hypophysaires: les formes agressives et les formes pédiatriques.

L'hypophyse, principale glande endocrine du corps, commande la lactation, la croissance ainsi que les fonctions reproductives, surrénaliennes et thyroïdiennes, via des sécrétions hormonales (PRL, GH, FSH/LH, ACTH, TSH).

Les tumeurs hypophysaires sont fréquentes, et présentent un phénotype hautement variable, selon la nature et l'intensité de leur sécrétion, et leur agressivité. La chirurgie est le traitement principal. Lorsque l'exérèse complète n'est pas possible, des traitements médicamenteux existent. Radiothérapie et chimiothérapie peuvent être requis pour des tumeurs d'évolution agressive. Prédire le pronostic et la réponse aux traitements médicaux est actuellement quasi-impossible.

Au laboratoire nous avons récemment établi la première caractérisation pangénomique (transcriptome, méthylome, miRnome, exome, puce SNP) de ces tumeurs (Neou et al, Cancer Cell 2020). Cette première classification moléculaire démontre l'importance déterminante du lignage pour définir les groupes moléculaires (l'agressivité n'est pas un détermiant de la classification moléculaire). De nouveaux sous-groupes sont identifiés, avec des caractéristiques de différentiation méconnues jusque-là.

Disposant désomrais de cette cartographie pan-génomique de référence, l'étape suivante, proposée dans le cadre de ce M2, est d'analyser avec le transcriptome, deux formes particulières:

- les tumeurs hypophysaires pédiatriques, à la recherche de mécanismes spécifiques, pouvant orienter vers des traitements propres et une prédisposition génétique/épigénétique

-les tumeurs agressives, à la recherche de cibles thérapeutiques et de facteurs pronostiques.

Ces analyses seront réalisées à partir de transcriptomes RNAseq bul issus de tissu congelé (données disponibles). Il est égalemnt prévu de tester la faisabilité du transcriptome 3' RNA seq issu de tissus inclus en paraffine sur ces tumeurs.

Les atouts de ce projet:

- un projet de haut niveau scientitique

-une thématique génomique (porteur en terme de perspsectives professionnelles)

-des données déjà disponibles

- un jeu de tumeurs rares jamais étudiées (garantie de publi internationales)

- une plateforme de génomique à l'institut Cochin qui génére ces données à proximité

- des pipelines d'analyse bioinfo déjà utilisés au labo pour ces analyses

- une expertise en génomique et recherche translationnelle reconnue (Neou et al, Cancer Cell; Assié et al Jama Oncol 2019, Assié et al, Nature genetics 2014, Assié et al, NEJM 2013).

- un environnement de recherche multidisciplinaire au sein de l'équipe, avec l'expertise bioinfo combinée à l'expertise clinique, génomique et de biologie cellulaire.

Profil requis: le candidata devra donc avoir un profil principalement de bioinformaticien (savoir coder), avec des connaissances en statistiques et en génétique humaine. Nous souhaitons recruter un candidat curieux, soucienx de la valeur biologique des résultats générés (tables, figures...), et s'intégrant dans l'ambiance amicale de l'équipe. Perspective de poursuivre sur une thèse de science (sous réserve du financement).

En conclusion, nous proposons une formation pratique de qualité, formant à la génomique intég'rée sur un jeu de données original et un sujet scientifiquement non exploré.