Mots-Clés

modélisation biologie des sytèmes biologie celullaire omics

Description

A Propos de VIDIUM et du poste :

VIDIUM est une jeune start up spécialisée dans la biologie des systèmes et incubée à l’ENS de Lyon. VIDIUM développe des services innovants dans l’analyse des mégadonnées biologiques pour accompagner les biologistes dans leur R&D de nouvelles thérapies-diagnostics en proposant des solutions optimales et la conception rationnelle de nouvelles expériences basées sur des simulations. VIDIUM prédit le comportement des cellules soumises à des nouvelles conditions grâce aux modèles mécanistes de réseaux génétiques reconstruits à l’aide de la plateforme R.E.A.L. à partir de données expérimentales. Cette solution s’inspire de l’ingénierie aérospatiale et intègre les dernières technologies de pointes en calcul haute performance et d’apprentissage pour dépasser les limites actuelles en termes de représentativité biologique, capacité prédictive et de passage à l’échelle.

Mission

En tant que stagiaire en modélisation, vous travaillerez dans l’équipe transdisciplinaires de système biologie. Vous serez chargé de travailler sur des modèles de simulations reproduisant le comportement de la cellule au niveau muti-omics (transcriptomique, protéomique, épigénétique). Appuyé par des données expérimentales, vous devrez affiner le modèle, inférer ses paramètres, et proposer une visualisation des simulations. Ce travail s’effectuera en collaboration étroite avec l’équipe de bioinformatique.

Le stagiaire recruté sera chargé de :

1- Inférer des modèles à partir de données expérimentales

2- Modéliser des processus de mécanisme cellulaire (en mathématique d’abord puis en programmation).

3- Explorer les modèles: conduire une analyses de sensibilité.

Nous cherchons une personne issue d’une école d’ingénieur ou un master avec une composante biologie système ou modélisation. La curiosité et le goût pour la transdisciplinarité seront fortement appréciés pour s’intégrer pleinement dans une équipe alliant des profils en médecine/business/ingénierie/biologie/mathématique/(bio)informatique/HPC. A terme ce stage pourra aboutir à un CDI.

Compétences recherchées

Compétences systèmes (Unix)

Bonne connaissance python

Bonnes connaissances en modélisation mathématiques et biologie des systèmes

Connaissances en biologie cellulaires et génétiques

Maîtrise de l'anglais scientifique lu et écrit