Ingénieur(e) Bioinformaticien CDD (1 an) en Bioinformatique Clinique à l’institut Curie

 CDD · Ingénieur autre  · 12 mois (renouvelable)    Bac+5 / Master   Bioinformatique Clinique, Pôle de Médecine Diagnostique et Théranostique, Institut Curie · Paris (France)

 Date de prise de poste : 1 novembre 2021

Mots-Clés

NGS pipelines analyse de données RNAseq WES shallow

Description

L’Institut Curie, premier centre français de recherche et de lutte contre le cancer, associe un centre de recherche de renommée internationale et un ensemble hospitalier de pointe qui prend en charge tous les cancers y compris les plus rares. Fondé en 1909 par Marie Curie, l’Institut Curie rassemble sur 3 sites (Paris, Saint-Cloud et Orsay) 3 500 chercheurs, médecins et soignants autour de ses 3 missions : soins, recherche et enseignement.


Mission :

Dans le cadre d’un surcroît d’activité, un CDD de 12 mois (avec possibilité d’extension à 18 mois) est disponible au sein de l’unité de Bioinformatique Clinique incluse dans le Pôle de Médecine Diagnostique et Théranostique de l’Institut Curie dès que possible (entretiens à prévoir à partir de la deuxième moitié d’Août / début Septembre). La personne retenue travaillera sur des thématiques liées à l’Unité de Génétique Somatique (UGS) de l’institut Curie.


Principales activités :

  • Réécriture / optimisation de pipelines d’analyses avec mise en place de conteneurs et de tests unitaires, jeux de validation
  • Développement d’outils spécifiques au diagnostic clinique avec recherche bibliographique, évaluation d’outils publiés, mise en place d’approches originales
  • Participation à l’analyse de projets de recherche associés à des essais cliniques
  • Présentation régulière des avancées aux biologistes de l’UGS
  • Contribution à différentes publications associées aux données analysées / aux nouvelles approches mises en place


Compétences requises :

  • Maîtriser l’environnement linux
  • Maîtriser au moins l’un des langages de programmation suivants (idéalement avoir de l’expérience sur plusieurs d’entre eux) : python, java, R ou autre langage orienté objet
  • Bonnes connaissances des outils standards de bioinformatique pour l’analyse et l'interprétation des données de séquençage haut-débit (DNA et RNAseq)
  • Avoir un attrait pour les interactions avec les biologistes
  • Rigueur, dynamisme, capacité à travailler en autonomie
  • Excellent esprit d’équipe


Compétences souhaitées :

  • Bonnes connaissances en algorithmique
  • Versionnage du code avec GIT
  • Maîtrise de l’anglais technique et scientifique à l’oral et à l’écrit
  • Des compétences dans l’un ou plusieurs domaines suivants seraient un gros plus : utilisation de cluster de calcul (SGE / SLURM / LSF / MOAB, etc.), expérience en calcul distribué, utilisation de GPU, expérience en machine learning / deep learning, utilisation de gestionnaire de workflow type Nextflow / snakemake, classification supervisée et non supervisée, réduction de dimensions, conteneurisation (singularity / docker)
  • Des connaissances en oncologie sont un plus


Diplômes / qualifications requis(es) :

  • Etre titulaire d’un Doctorat ou d'un Diplôme d'Ingénieur en Bioinformatique
  • Une première expérience en analyses de données NGS est souhaitée


Pour candidater, merci d'envoyer un CV + lettre de motivation à bioinfo-clinique.recrut [AT]curie.fr

Candidature

Procédure :

Date limite : 22 octobre 2021

Contacts

Victor RENAULT

 viNOSPAMctor.renault@curie.fr

Offre publiée le 29 septembre 2021, affichage jusqu'au 22 octobre 2021