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Stage M2 analyse imagerie 3D

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   Inserm U1231 - Equipe GAD - Groupe NeuroGeMM · DIJON (France)

 Date de prise de poste : 15 janvier 2022

Mots-Clés

Génétique Neurodéveloppement Imagerie Modèles murins Big data Python

Description

Le laboratoire de recherche Génétique des Anomalies du Développement (CHU Dijon) recherche un stagiaire M2 pour la mise en place de nouveaux outils d'analyse en imagerie 3D. Ce travail repose sur la publication récente du groupe NeuroGeMM dirigé par le Dr Binnaz Yalcin (https://www.nature.com/articles/s41467-019-11431-2) qui vise à cartographier les gènes contrôlant la neuroanatomie cérébrale. Le groupe de recherche s’équipe d’un système 3D à ~haute résolution (Système HREM :  https://indigo-scientific.co.uk/3d-optical-hrem-imaging/) permettant une caractérisation plus précise des défauts neuroanatomiques chez un grand nombre de modèles murins.

 

L’étudiant en stage aura plusieurs objectifs organisés selon 3 axes:

Création de l’environnement : Implémentation des solutions de flux de datas (~20 TB par semaine), prétraitement d’image, archivage d’image. Extraction d’images 2D à partir de coordonnées stéréotaxiques.

Modélisation : Segmentation de régions neuroanatomiques par méthode de régistration pour le calcul de volumes et/ou mise en place d’algorithmes de type « machine learning » pour la segmentation automatique ou semi-automatique.

Analyses statistiques : Analyses géométriques par composantes principales. Corrélations morphométriques.

La date de début du stage est prévue en janvier, mais reste flexible selon l'organisation du master. 



Prérequis :

Evidence de programmation en Python, connaissances théoriques de la registration par atlas, manipulation d’images 3D volumineuses.

Qualités recherchées :

Indépendance, sérieux, motivation

Superviseur: Dr. Binnaz Yalcin / Dr Stephan Collins (binnaz.yalcin@inserm.fr / stephan.collins@u-bourgogne.fr)


Candidature

Procédure : Merci d'envoyer un mail incluant 1 CV, 1 lettre de motivation, 2 lettres de recommandations à l'adresse mail suivante : stephan.collins@u-bourgogne.fr

Date limite : 1 janvier 2022

Contacts

 Stephan Collins

 stNOSPAMephan.collins@u-bourgogne.fr

Offre publiée le 29 septembre 2021, affichage jusqu'au 15 janvier 2022