Contrôle du transcriptome par le lecteur de méthylation m6A, ECT5, chez Arabidopsis thaliana

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   Laboratoire Génome et Développement des Plantes · Perpignan (France)

 Date de prise de poste : 3 janvier 2022

Mots-Clés

analyse de données génomique epitranscriptomique methylome (mRIPSeq) dégradome

Description

Les régulations exercées au niveau des ARNm sont cruciales pour la croissance, le développement et la réponse aux conditions environnementales chez les eucaryotes. La cellule en ajustant le taux de traduction et de dégradation des ARNm peut ainsi adapter son métabolisme en réponse aux contraintes développementales ou environnementales.
Il existe de nombreux régulateurs des ARNm, parmi lesquels les protéines de liaison aux ARNm et les modifications chimiques.
Longtemps considérées comme artefactuelles ou spécifiques de ARN viraux, les modifications chimiques des ARNm se sont révélées au fil des 10 dernières années comme des acteurs cruciaux du contrôle de l’expression des gènes et on sait aujourd’hui qu’elles sont indispensables à la survie, au développement et à l’acclimatation des organismes à leur environnement. Le répertoire des modifications chimiques du transcriptome est aujourd’hui reconnu comme l’épitranscriptome d’une cellule. Nous nous intéressons plus particulièrement à la modification m 6 A (ou N6-methyladenosine) qui est la plus abondante (1-1.5% des adenosines de ARNm) et la plus conservée chez les eucaryotes.
Les résidus m 6 A sont décodés par des protéines, appelées « readers », qui en se fixant sur la modification contrôlent le devenir de leurs ARNm cibles. Le génome d’Arabidopsis code au moins treize « m 6 A readers » appelés ECT1 à 12 et CPSF30. Nos données préliminaires conduisent à proposer qu’ECT5 pourrait jouer un rôle dans la réponse de la plante au stress thermique.
Même si les fonctions physiologiques et moléculaires du m 6 A et de ses readers commencent à être dévoilées chez les plantes, de nombreuses questions subsistent. En particulier, leur fonction dans le contrôle de la traduction sont inconnues à ce jour et seuls ECT2 et 3 ont été les sujets d’études fonctionnelles.

Nous disposons d'un jeu de données "-omiques" (RNA-seq, translatome, mRNA-methylome et mRNA-dégradome). L’étudiant devra exploiter ces dernières afin d’identifier le rôle du m 6 A dans le contrôle de la traduction en conditions normales de croissance. Des données « omiques » de même type, déjà obtenues sur des mutants « perte de fonction » d’ECT5, permettront de plus de comprendre quels ARNm ce reader contrôle et comment. Ce stage sera encadré par en chercheur en biologie fonctionnelle (CBA) et une Ingénieur d'Etude en bio-informatique (MCC).
Dans un deuxième volant, si l’étudiant souhaite acquérir des compétences en biologie fonctionnelle, impliquant une activité de laboratoire, il pourra contribuer à la préparation du matériel nécessaire à l'étude d'ECT5.
Ce projet sera une opportunité unique pour l’étudiant d’acquérir une double compétence en bioformatique des approches transcriptomiques et en biologie expérimentale. De plus, ce sujet lui donnera la chance de se familiariser avec les régulations épitranscriptomiques chez les eucaryotes, un sujet à la pointe de la biologie moderne.

Candidature

Procédure :

Date limite : 19 décembre 2021

Contacts

Cecile Bousquet-Antonelli

 ceNOSPAMcile.antonelli@univ-perp.fr

Offre publiée le 4 octobre 2021, affichage jusqu'au 19 décembre 2021