Mots-Clés

metagénomique, workflow, nextflow

Description

Position

• Stage de M2

• À pourvoir dés que possible (date limite de candidature au 30 octobre 2021)

• Localisation : INRAE, centre Occitanie Toulouse, Castanet Tolosan, unité MIAT https://miat.inrae.fr/

Missions et activités

Les missions du stagiaire⋅e recruté⋅e se dérouleront dans le cadre de la plateforme bioinformatique Genotoul (http://bioinfo.genotoul.fr/). L’étudiant participera au projet ATB_biofilm dont l’objectif est de mettre au point un modèle le plus proche possible du biofilm des égouts dans un bioréacteur. Ceci afin de pouvoir étudier les effets cocktails des antibiotiques sur le biofilm des égouts. Dans ce but, des analyses de métagénomiques whole génome shotgun seront effectuées dans le biofilm des égouts et dans des bioréacteurs ensemencés par le biofilm sous différentes conditions. Nous comparerons les profils taxonomiques obtenus ainsi que les gènes de résistance aux antibiotiques présents. Le stagiaire commencera par participer à la maintenance et à l’amélioration du workflow d’analyse de données métagénomique développé dans l’équipe (genotoul-bioinfo / metagWGS · GitLab (inra.fr)) en collaboration avec des ingénieurs titulaires et CDD sur la plateforme. Il s’agit d’un workflow nextflow développé depuis 3 ans et en constante évolution. Il est notamment en cours de migration en nextFlow DSL2.

Profil recherché

• Master2 en bioinformatique

• Bonne culture générale en biologie, une première expérience en analyses de données NGS est souhaitable.

• Maîtrise de Unix, Python, Git

• Connaissance d’un système de conteneurisation (Docker ou singularity), d’un gestionnaire de workflows (nextflow de préférence).

• Connaissance des outils et principes d’analyses de données de séquençage short reads en métagénomique whole génome et des formats de fichiers associés.

• Maîtrise de l’anglais technique.

• Qualités attendues: rigueur, organisation, autonomie et polyvalence

• Sens du travail en équipe et du service.

Présentation de la structure d’accueil

La plate-forme bio-informatique Genotoul (http://bioinfo.genotoul.fr) est une équipe de l'Unité de Mathématiques et Informatique de l'INRAE de Toulouse (MIA-T). En région, la plateforme est un membre actif du GIS Genotoul depuis le début des années 2000. A ce titre, elle contribue à développer les ressources nécessaires aux avancées des programmes scientifiques et accompagne les plateformes de production de données sur l'hébergement de leurs systèmes d'information. Elle contribue à l'animation scientifique en région. L'équipe est composée de 9 titulaires représentant 5,75 ETP et a pour mission d'accompagner les programmes scientifiques de biologie sur leurs besoins en bioinformatique. Elle est équipée d'une infrastructure matérielle et logicielle adaptée et performante pour la bio-informatique (cluster de 3000 coeurs de calcul, espace de stockage de 4 Po).

Comment postuler ?

• envoyer CV et lettre de motivation à celine.noirot@inrae.fr et à claire.hoede@inrae.fr

• On attend que la lettre de motivation mette en avant les compétences et expériences du (de la) candidat⋅e en lien avec les attentes du poste ;

• la procédure de recrutement aura lieu en deux temps, une sélection sur dossier suivie d’une audition des candidats dont le dossier a été retenu.