Mots-Clés

population genomics next generation sequencing brown rat sex biased dispersal

Description

Contexte scientifique

Dans le cadre du projet ANR ARMAGUEDON sur les rats parisiens, des données sont recueillies afin de mieux comprendre leur dynamique de populations et leur biologie. En particulier, le séquençage du génome entier de 24 individus offre la possibilité d’étudier ces populations sous l’angle de la génomique des populations. Cette approche va permettre d’analyser la structure de ces populations, les flux de gènes, de reconstruire leur histoire démographique et d’identifier de potentielles signatures génomiques d’adaptation locale. Pour cela, l’équipe recherche un.e étudiant.e en Master 2 intéressé par les thématiques de l’évolution et par la génétique des populations pour un stage de six mois, et possédant des compétences en écologie, génomique et/ou en bioinformatique. Le but du stage sera, par l’analyse de séquences de génome entier, de décrypter la structure génétique ainsi que la dispersion des populations de rats bruns à travers la capitale. Le stage sera donc orienté sur l’analyse de données de génome entier et ne nécessitera pas de travail en paillasse. Une connaissance minimale d'un langage informatique est appréciée (e.g bash, R, python...).

Lieu de stage et encadrement

Le stage se déroulera au sein de l’ISYEB, sur le site du Muséum National d’Histoire Naturelle, et le/la candidat.e sera encadré par Romuald Laso-Jadart (post-doc sur le projet ANR ARMAGUEDON), Stefano Mona (Equipe Biologie intégrative des populations et Evolution moléculaire - BIPEM) et Bertrand Bed’Hom (Equipe Systématique, Phylogéographie, Évolution, Conservation - SPEC). De plus, le stagiaire bénéficiera de l’ensemble de l’expertise de l’équipe multidisciplinaire du projet ANR ARMAGUEDON coordonné par Aude Lalis (Equipe Systématique, Phylogéographie, Évolution, Conservation - SPEC).

Connaissances ou compétences acquises à l’issue du stage

Le/la M2 apprendra à travailler dans un environnement Unix et à utiliser un cluster de calcul. Le/la M2 acquerra aussi une expérience dans l'utilisation des données de séquençage de nouvelle génération (mapping, filtrage et identification de variants) ainsi que dans l'application de logiciels dédiés aux analyses de génétique des populations (PSMC, sNMF et des nombreuses autres méthodes implémentés dans plusieurs librairies sous R).