Mots-Clés

HPC Bioinformatique développeur devops

Description

Le Centre National de Recherche en Génomique Humaine(CNRGH) du Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), localisé au sein du campus de la Genopole d'Evry, a comme objectif principal de faire avancer la recherche en génétique des maladies humaines. A cette fin, le CNRGH a développé des laboratoires et des plateformes technologiques de pointe en génomique. Les technologies disponibles au CNRGH vont de plateformes de génotypage à haut débit complètement intégrées à des plateformes de séquençage nouvelle-génération. Les activités incluent des études d'association génome entier, d'expression pan-génomiques, épigénétiques, de génomique fonctionnelle et de séquençage génome entier.

Ce recrutement vise à consolider une équipe de référence de niveau mondial dans le domaine de l’analyse de séquences à « haut débit », en renforçant sa capacité informatique d’analyse des données.

Les missions envisagées :

- Participer au déploiement des applications métiers utilisées par le centre : compilation et installation, conteneurs (docker,singularity), Ansible, packaging d'applications.

- Développement d'utilitaires associés à l'environnement de calcul (en bash, python, C/C++, JavaScript ...)

- Aide et conseil aux équipes de bioinformatique (standardisation et qualité de code, design patterns, optimisation pour le HPC, tests unitaires, intégration continue et déploiement type gitlab CI/CD)

- Evolution et Animation de plateformes de travail (ex: Jupyterlab)

- Rédaction de documentation, tutoriel, conseil et formation à destination des bioinformaticiens et biologistes

Le candidat recruté sera intégré au sein du laboratoire de bioinformatique (LBI) du CNRGH. Il sera également amené à interagir avec l'équipe système et réseau.

Profil :

Titulaire d’une formation en ingénierie des systèmes d'information, les candidats devront justifier une excellente maîtrise des environnements Unix (installation du système/utilisation/rédaction de scripts) ainsi que d’une maîtrise d'au moins 2 langages parmi les suivants : C, C++, Python, Java, TypeScript. Une première expérience dans les domaines et technologies suivantes serait appréciée : HPC, Modules, Conda, Docker/Singularity, Ansible/Puppet/Chef. Un bon niveau en anglais est également requis dans le cadre de la lecture de documentation et de nos échanges à l'international.