Mots-Clés

Whole-exome sequencing évolution cancer

Description

Intitulé du stage : Mutations somatiques et trajectoires cancéreuse dans la muqueuse orale saine

Type de stage : M1 ou M2 / 4e ou 5e année (4-6 mois)

Responsable : Pierre Martinez

Coordonnées : pierre.martinez@lyon.unicancer.fr Inserm

                         UMR1052, Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon, Cheney D 2e étage.

Site web : https://pierremartinez.github.io/

Sujet du stage

L’évolution somatique découle de l’accumulation de mutations lorsque les cellules se répliquent pendant le développement et la maintenance tissulaire. Elle est contrainte par les pressions homéostatiques spécifiques à chaque tissu, et peut éventuellement aboutir à l’oncogénèse. De récentes études ont démontré que les mutations à potentiel oncogénique sont omniprésentes dans tout tissu sain (1,2). Certaines de ces mutations sont même parfois plus prévalentes dans le tissu sain que dans les cancers connexes (3,4). Nous manquons toutefois de données et de méthodes permettant de modéliser précisément la stochasticité de l’évolution somatique.

Ce projet vise à caractériser la dynamique évolutive somatique de la muqueuse orale, qui demeure inconnue, par séquençage whole exome à haute profondeur. A l’aide des 25 exomes déjà séquencés par le laboratoire, le stage a pour but de :

- Déterminer l’efficacité du séquençage et affiner la stratégie pour la suite du projet ;

- Identifier les gènes mutés de manière récurrente et les comparer à ceux impliqués dans le cancer ;

- Concevoir et optimiser un panel de gènes pour séquençage ciblé.

Compétences requises

Le/la candidat(e) devra être à l’aise avec l’utilisation du langage R. De bonnes notions de biologie, statistique et de l’expérience en analyse de de séquençage seraient indéniablement un plus.

Informations complémentaires

L’offre de stage s’adresse aux étudiants en Master 1 ou 2, pour une durée de 4 à 6 mois commençant à partir de janvier 2022, avec gratification (~575 euros par mois). Le stage se déroulera au sein de l’équipe dirigée par Pierre Saintigny « Integrated Analysis of Cancer Dynamics » au Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon, sous la tutelle de Pierre Martinez (bioinformaticien, chargé de recherche Inserm). Le travail à distance sera possible si nécessaire. Les étudiants potentiellement intéressés sont encouragés à contacter l’encadrant pour toute question.

Références

1. Martincorena I, Roshan A, Gerstung M, Ellis P, Van Loo P, McLaren S, et al. High burden and pervasive positive selection of somatic mutations in normal human skin. Science (80- ) [Internet]. 2015 May 21 [cited 2015 May 23];348(6237):880–6. Available from: http://www.sciencemag.org/content/348/6237/880.long

2. Watson CJ, Papula AL, Poon GYP, Wong WH, Young AL, Druley TE, et al. The evolutionary dynamics and fitness landscape of clonal hematopoiesis. Science (80- ) [Internet]. 2020 Mar 27 [cited 2020 Apr 1];367(6485):1449–54. Available from: https://www.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.aay9333

3. Abby E, Dentro SC, Hall MWJ, Fowler JC, Ong SH, Sood R, et al. Notch1 mutation drives clonal expansion in normal esophageal epithelium but impairs tumor growth. bioRxiv [Internet]. 2021 Jun 18 [cited 2021 Jul 12];2021.06.18.448956. Available from: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.06.18.448956v1

4. Martincorena I, Fowler JC, Wabik A, Lawson ARJ, Abascal F, Hall MWJ, et al. Somatic mutant clones colonize the human esophagus with age. Science (80- ) [Internet]. 2018 Oct 18 [cited 2018 Oct 19];eaau3879. Available from: http://www.sciencemag.org/lookup/doi/10.1126/science.aau3879