POST-DOCTORANT DATA SCIENCE, EPIDEMIOLOGIE, ECOLOGIE

Partenaires du projet

·         Centre International de Recherche en Infectiologie, Université de Lyon, Inserm U1111

·         Hospices Civils de Lyon

·         Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive, Université de Lyon, UMR CNRS 5558

·         Muséum National d’Histoire Naturelle, Institut de Systématique, Evolution et Biodiversité

Localisation

Institut des Agents Infectieux, Hôpital de la Croix-Rousse

103 Grande Rue de la Croix-Rousse, 69004 Lyon

Contexte

La découverte des antibiotiques et leur diffusion à grande échelle ont permis de diminuer, de façon drastique, la morbidité et la mortalité liées aux maladies infectieuses. Cependant, les bactéries ont depuis développé des résistances aux traitements antibiotiques. L’apparition de bactéries multi-résistantes (BMR), qui peuvent résister aux antibiotiques de deuxième ou de troisième génération, représente un défi majeur pour la santé publique.

La résistance aux antibiotiques a un impact important sur les dépenses de santé, puisque les patients concernés doivent souvent être isolés et restent hospitalisés plus longtemps. La lutte contre l’antibiorésistance exige la mise en œuvre d’une stratégie de prévention reposant sur un usage plus rationnel des antibiotiques et sur des mesures d’hygiène individuelle (isolement des patients porteurs de BMR) et collective (promotion des règles d’hygiène universelles).

Notre équipe cherche à optimiser les stratégies d’usage des antibiotiques et de prévention des transmissions bactériennes entre patients. En amont des études de terrain, nous développons un système de simulation de l’écosystème bactérien hospitalier prenant en compte la diffusion des bactéries et des gènes de résistance aux antibiotiques en fonction des mouvements des patients et leurs traitements antibiotiques.

Mission

Vous contribuerez au développement, à l’implémentation et à l’interprétation d’un modèle mathématique d’écosystème multi-échelle, intégrant la dynamique des gènes d’antibiorésistance, des bactéries porteuses de ces gènes et des patients porteurs de ces bactéries.

Vos missions principales seront :

·         L’implémentation et la validation du code informatique du système de simulation (C++)

·         L’estimation de paramètres du système à partir de données hospitalières de terrain

·         La communication autour de vos travaux au sein des équipes multidisciplinaires des laboratoires académiques partenaires, ainsi que dans les conférences et congrès auxquels vous participerez.

A l’aise en (bio-)informatique, vous participerez également au design et à l’élaboration de pipelines d’analyse génomique, en liaison étroite avec des bioinformaticiens spécialisés.

Profil

·         Docteur es science avec une spécialisation en Data Science, Mathématiques Appliquées ou Biostatistiques. Des connaissances dans le domaine de la microbiologie, de l’infectiologie ou de l’épidémiologie seront considérées favorablement.

·         Vous êtes capable de programmer efficacement (R, C++) tout en veillant à ce que votre code soit évolutif, documenté et facilement réutilisable.

·         Vous êtes autonome, rigoureux, et faites preuve d’une curiosité technique et scientifique.

·         Vous avez le sens de la communication écrite et orale dans un environnement multidisciplinaire.

·         Vous parlez couramment anglais et êtes en mesure de réaliser une étude bibliographique ou de communiquer dans cette langue au sein d’une équipe internationale.

Pour postuler

Envoi CV + lettre de motivation à :

Jean-Philippe RASIGADE, jean-philippe.rasigade@univ-lyon1.fr, Hospices Civils de Lyon / Centre International de Recherche en Infectiologie.

Prise de fonction en novembre/décembre 2021. Grille de salaire Inserm selon expérience post-Thèse.