Mots-Clés

Cathepsine D LRP-1 peptide bloquant interaction ligand/récepteur docking moléculaire dynamique moléculaire.

Description

Encadrants : Stéphanie Baud & Nicolas Etique

L’unité de recherche Matrice Extracellulaire et Dynamique Cellulaire (MEDyC) étudie le rôle de la Matrice Extra Cellulaire (MEC) dans la progression tumorale et les pathologies associées aux phénomènes de vieillissement (diabète, athérome ...). La pro-cathepsine D est une protéine secrétée abondamment dans l’environnement des cellules cancéreuses mammaires et constitue un marqueur de mauvais pronostique dans le cancer du sein. Cette protéine est en effet capable de favoriser la progression tumorale en stimulant notamment la prolifération de cellules périphériques à la tumeur appelées fibroblastes. Cet effet de la pro-cathespine D sur les fibroblastes passe par sa liaison à une autre protéine localisée à leur surface appelée récepteur LRP-1. A travers le décryptage in silico des interactions protéine-protéine, nous avons pu identifier l’interface d’interaction de la pro-cathepsine D avec des fragments de LRP-1 dont les effets biologiques ont été démontrés expérimentalement. Ce travail préliminaire souligne l’importance d’une séquence peptidique particulière que nous souhaiterions utiliser pour développer un peptide capable de bloquer spécifiquement l’interaction entre la pro-cathepsine D et LRP-1 à la surface des fibroblastes. Ceci devrait permettre de bloquer les effets délétères de cette interaction et in fine le développement tumoral.

Le but de ce stage est d’étudier et caractésiser, à l’aide de simulations de docking et de dynamique moléculaire (si le temp le permet pour cette seconde phase) les interactions entre la Pro-cathepsine D et des peptides issus de LRP-1 dont les séquences ont été proposées sur la base de résultats préliminaires.

Dans une seconde étape, les expériences de docking moléculaire seront mises en œuvre. Selon la taille des peptides, des stratégies différentes (docking rigide/rigide ou flexible/rigide) pourront être considérées. Pour finir, si le temps le permet, des simulations de dynamiques moléculaire en solvant explicite seront mises en place et permettront de tester la stabilité des complexes obtenus à l’issue des expériences de docking.