Mots-Clés

assemblage annotation pangenome SNP

Description

Contexte : Le Mans Université (France) et l’Université Laval (Québec, Canada), recrutent un chercheur post-doctorant pour une durée de 1 an à compter du premier octobre 2021. Le contrat aura lieu les 6 premiers mois en France et les 6 derniers mois au Canada. Le projet de recherche a pour objectif d’analyser les ‘données omiques’ (génome et transcriptome) de différentes souches et espèces de diatomées du genre Haslea déjà existantes dans les laboratoires partenaires, pour valoriser ce matériel, aussi bien au niveau fondamental que pour des applications dans les biotechnologies bleues.

Problématique et objectifs : Les diatomées du genre Haslea sont des organismes marins, pour la plupart benthiques ou épiphytiques. L’espèce type H. ostrearia (Gaillon) Simonsen est connue pour produire un pigment bleu responsable du verdissement des huîtres : la marennine. Le genre Haslea est ubiquiste, comprenant plus de 40 espèces à travers le monde, dans des eaux tempérées pour la plupart, mais aussi tropicales ou polaires. Moins de 20% de ces espèces produisent des pigments bleus de type marennine. Ainsi, le genre Haslea est un modèle idéal pour explorer les trajectoires évolutives et adaptatives des diatomées sous des écosystèmes fluctuants. A l’heure actuelle, 6 espèces du genre Haslea, dont 2 polaires, ont été séquencées par les deux groupes, certaines avec une combinaison de long et short reads (ONT et Illumina). Ces efforts de séquençage ont révélé des petits génomes, 60-100 Mb, avec probablement une forte densité de gènes et un haut niveau de séquences répétées. Le but de ce projet est d’exploiter les données génomiques et transcriptomiques des espèces d’Haslea disponibles afin d’appréhender les mécanismes d’adaptation dans des environnements benthiques, en particulier entre les régions polaires et tempérées. Les retombées porteront à la fois sur la recherche fondamentale (évolution des génomes des diatomées, identification de voies de biosynthèse spécifiques) et les applications potentielles en biotechnologies (sélection de souches, composés à haute valeur ajoutée).

Profil du candidat : La/le candidat(e) devra avoir un profil bioinformatique porté sur l’analyse des données omiques : assemblage de génomes short et long reads, annotation, génomique comparative (pan génome, polymorphisme, sélection). Des connaissances en écologie et évolution moléculaire sont fortement souhaitées. Il/elle devra maîtriser l’environnement UNIX et divers langages (Bash, Python). Elle/il devra également faire preuve de rigueur, d’autonomie et de curiosité.

ENGLISH

Context: A post-doctoral researcher position is open at Le Mans University (France) and University Laval (Québec, Canada) for a duration of one year from the 1st of October. The first 6th months will take place in France and the last 6 months in Canada. The aim of the research project is to analyse omic data (genomes and transcriptomes) from different strains and species of the genus Haslea, already available in partner laboratories. The exploitation of these data will have important outputs at both fundamental and application levels (for instance in blue biotechnology).

Problematic and objectives: Diatoms from the genus Haslea are marine, mostly benthic or epiphytic organisms. The type species of the genus, H. ostrearia (Gaillon) Simonsen, produces the very specific blue pigment marennine, responsible for the greening of marine invertebrates, especially bivalves. So far, the genus Haslea encompasses ca. 40 taxa as listed in AlgaeBase (Guiry & Guiry 2021) distributed all over the world, mostly in temperate, waters, but also tropical as well as polar species. Less than 20% of these species produce marennine-like blue pigments. Therefore, Haslea is a good model for exploring evolutionarily relevant ecological adaptations of diatoms in general, as well as adaptation with polar and temperate distributions. Currently, six Haslea species, including two arctic ones, have been sequenced by both laboratories, some of them using a combination of long and short reads (ONT and Illumina). These sequencing efforts have revealed relatively small genomes, from 60 to 100Mb, with probable high density gene content and high level of repeats. The aim of this project is to exploit all available genomic data of Haslea species in order to comprehend adaptation in different benthic and pseudo-benthic environments, in particular between temperate and polar regions. This will have important outputs both for fundamental research (diatom genome evolution, specific biosynthesis pathways) and biotech applications (strain selection, added value and bioactive compounds).

Profile : The candidate must have a bioinformatic background oriented in omic data analyses : genome assembly using long and short reads, annotation, comparative genomics (pan genome, polymorphism, selection). Knowledge in ecology and molecular evolution are appreciated. The candidate must be familiar with UNIX environment and different langages (Bash, Python). Moreover, he/she must be rigorous, autonomous and curious.