Ingénieur d’étude en analyse bioinformatique

 CDD · IE  · 13 mois    Bac+5 / Master   SIRIC CURAMUS - l’équipe Génétique et développement des tumeurs cérébrales a l’institut du cerveau · Paris (France)

 Date de prise de poste : 1 novembre 2021

Mots-Clés

scRNAseq, ATAC-Seq, méthylome , Neuro-oncologie

Description

Les équipes des Groupes Hospitaliers AP-HP Pitié Salpêtrière et HUEP (Saint-Antoine, Tenon, Trousseau), de Paris Sorbonne Université, associant l’INSERM et le CRNS les Hôpitaux Universitaires Pitié Salpêtrière Charles Foix ont obtenu en décembre 2017 la labellisation SIRIC « Site Intégré de Recherche sur le Cancer » pour le projet CURAMUS. La labélisation SIRIC, initiée par l’INCA dans le cadre du Plan Cancer, vise à réunir des forces médicales, scientifiques et technologiques pour mettre en place des programmes ambitieux de recherche afin de faire reculer le cancer. Cette labélisation a été obtenue dans le cadre d’un projet commun déposé avec les Hôpitaux Universitaires Paris Est et Paris Sorbonne Université, regroupés au sein de l’Institut Universitaire de Cancérologie.

Le SIRIC CURAMUS a vocation à renforcer la capacité à transférer rapidement les résultats de la recherche au soin du patient, en développant des programmes de recherche visant à améliorer la prévention, le diagnostic et le traitement des cancers, autour de trois thématiques :

-la neuro-oncologie (responsable-Pr. Sanson, PSL)

-les cancers rares immuno-hématologiques (responsable- Pr. Leblond, PSL)

-les cancers avec instabilité des microsatellites (responsable- Pr Duval, HUEP).


L’ingénieur d’étude sera dédié au workpackage 5 du SIRIC CURAMUS : renforcement des plateformes : plateforme de bioinformatique.et travaillera en étroite collaboration avec l’équipe Génétique et développement des tumeurs cérébrales a l’institut du cerveau (ICM) dirigée par le Pr Marc SANSON & Emmanuelle HUILLARD

L’équipe "Génétique et développement des tumeurs cérébrales" a pour objectifs d’identifier de nouvelles mutations génétiques et biomarqueurs des tumeurs cérébrales, ainsi que de comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires impliques dans leur développement. Les 4 objectifs principaux sont :

• Améliorer le diagnostic et les traitements en développant une base de données moléculaire

• Caractériser la fonction des nouvelles mutations identifiées dans les gliomes grâce à un « pipeline » d’analyse développé par l’équipe

• Identifier les mécanismes cellulaires intrinsèques et liés au micro-environnement à l’origine de l’apparition et de la progression des tumeurs

• Développer de nouveaux modèles murins et humains de validation de nouveaux traitements

L’Equipe de Bioinformatique du SIRIC est composé de 4 Ingénieurs d’étude et dirigé par PY Boëlle, PU-PH

 Missions générales :

- Contribuer au fonctionnement de l’équipe Bioinformatique du SIRIC CURAMUS

- Développer et maintenir des pipelines d’analyse de données génétiques ;

- Développer des modules d’analyse pour l’’interprétation de données génétiques, génomique et transcriptomique menées par les équipes de biologie moléculaire

- Contribution à l’animation scientifique de l’équipe Bioinformatique du SIRIC

Missions spécifiques :

- Réaliser des analyses scRNAseq (trajectory/velocity analysis), ATAC-Seq et de méthylome issus des tumeurs du système nerveux central. COMPETENCES REQUISES

Expérience et diplômes requis :

• Master en bioinformatique

Savoir-faire :

- Analyser, traduire et formuler un besoin utilisateur en études de faisabilité, en solutions, en programmes

- Concevoir, exécuter et suivre un plan d’activités Bioinformatiques

- Capacité à communiquer des résultats clairs et concis à divers publics, à l’oral comme à l’écrit

- Maîtriser au moins l’un des langages de programmation suivants (idéalement avoir de l’expérience sur plusieurs d’entre eux) : python, R ou autre langage orienté objet

- Bonnes connaissances des outils standards de bioinformatique pour l’analyse et l'interprétation des données de séquençage haut-débit (DNA, RNA-seq et méthylation)

- Utilisation de cluster de calcul (SLURM) et de gestionnaire de workflow type Nextflow - Rigueur, dynamisme, capacité à travailler en autonomie

- Excellent esprit d’équipe et avoir un attrait pour les interactions avec les biologistes

- Transférer un savoir-faire, une pratique professionnelle

- S'exprimer en anglais sera un plus

- Des connaissances en oncologie sont un plus

Connaissances :

- Anglais scientifique

- Bureautique

- Gestion de données relatives à son domaine

- Éthique et déontologie médicale

- Conduite de projet

Candidature

Procédure : Envoyer un mail a pierre-yves.boelle@upmc.fr et karim.labreche@iplesp.upmc.fr

Date limite : 31 décembre 2022

Contacts

Karim Labreche

 kaNOSPAMrim.labreche@iplesp.upmc.fr

Offre publiée le 12 octobre 2021, affichage jusqu'au 31 décembre 2022