Ingénieur d’étude en analyse bioinformatique
CDD · IE · 13 mois Bac+5 / Master SIRIC CURAMUS - l’équipe Génétique et développement des tumeurs cérébrales a l’institut du cerveau · Paris (France)
Date de prise de poste : 1 novembre 2021
Mots-Clés
scRNAseq, ATAC-Seq, méthylome , Neuro-oncologie
Description
Les équipes des Groupes Hospitaliers AP-HP Pitié Salpêtrière et HUEP (Saint-Antoine, Tenon, Trousseau), de Paris Sorbonne Université, associant l’INSERM et le CRNS les Hôpitaux Universitaires Pitié Salpêtrière Charles Foix ont obtenu en décembre 2017 la labellisation SIRIC « Site Intégré de Recherche sur le Cancer » pour le projet CURAMUS. La labélisation SIRIC, initiée par l’INCA dans le cadre du Plan Cancer, vise à réunir des forces médicales, scientifiques et technologiques pour mettre en place des programmes ambitieux de recherche afin de faire reculer le cancer. Cette labélisation a été obtenue dans le cadre d’un projet commun déposé avec les Hôpitaux Universitaires Paris Est et Paris Sorbonne Université, regroupés au sein de l’Institut Universitaire de Cancérologie.
Le SIRIC CURAMUS a vocation à renforcer la capacité à transférer rapidement les résultats de la recherche au soin du patient, en développant des programmes de recherche visant à améliorer la prévention, le diagnostic et le traitement des cancers, autour de trois thématiques :
-la neuro-oncologie (responsable-Pr. Sanson, PSL)
-les cancers rares immuno-hématologiques (responsable- Pr. Leblond, PSL)
-les cancers avec instabilité des microsatellites (responsable- Pr Duval, HUEP).
L’ingénieur d’étude sera dédié au workpackage 5 du SIRIC CURAMUS : renforcement des plateformes : plateforme de bioinformatique.et travaillera en étroite collaboration avec l’équipe Génétique et développement des tumeurs cérébrales a l’institut du cerveau (ICM) dirigée par le Pr Marc SANSON & Emmanuelle HUILLARD
L’équipe "Génétique et développement des tumeurs cérébrales" a pour objectifs d’identifier de nouvelles mutations génétiques et biomarqueurs des tumeurs cérébrales, ainsi que de comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires impliques dans leur développement. Les 4 objectifs principaux sont :
• Améliorer le diagnostic et les traitements en développant une base de données moléculaire
• Caractériser la fonction des nouvelles mutations identifiées dans les gliomes grâce à un « pipeline » d’analyse développé par l’équipe
• Identifier les mécanismes cellulaires intrinsèques et liés au micro-environnement à l’origine de l’apparition et de la progression des tumeurs
• Développer de nouveaux modèles murins et humains de validation de nouveaux traitements
L’Equipe de Bioinformatique du SIRIC est composé de 4 Ingénieurs d’étude et dirigé par PY Boëlle, PU-PH
Missions générales :
- Contribuer au fonctionnement de l’équipe Bioinformatique du SIRIC CURAMUS
- Développer et maintenir des pipelines d’analyse de données génétiques ;
- Développer des modules d’analyse pour l’’interprétation de données génétiques, génomique et transcriptomique menées par les équipes de biologie moléculaire
- Contribution à l’animation scientifique de l’équipe Bioinformatique du SIRIC
Missions spécifiques :
- Réaliser des analyses scRNAseq (trajectory/velocity analysis), ATAC-Seq et de méthylome issus des tumeurs du système nerveux central. COMPETENCES REQUISES
Expérience et diplômes requis :
• Master en bioinformatique
Savoir-faire :
- Analyser, traduire et formuler un besoin utilisateur en études de faisabilité, en solutions, en programmes
- Concevoir, exécuter et suivre un plan d’activités Bioinformatiques
- Capacité à communiquer des résultats clairs et concis à divers publics, à l’oral comme à l’écrit
- Maîtriser au moins l’un des langages de programmation suivants (idéalement avoir de l’expérience sur plusieurs d’entre eux) : python, R ou autre langage orienté objet
- Bonnes connaissances des outils standards de bioinformatique pour l’analyse et l'interprétation des données de séquençage haut-débit (DNA, RNA-seq et méthylation)
- Utilisation de cluster de calcul (SLURM) et de gestionnaire de workflow type Nextflow - Rigueur, dynamisme, capacité à travailler en autonomie
- Excellent esprit d’équipe et avoir un attrait pour les interactions avec les biologistes
- Transférer un savoir-faire, une pratique professionnelle
- S'exprimer en anglais sera un plus
- Des connaissances en oncologie sont un plus
Connaissances :
- Anglais scientifique
- Bureautique
- Gestion de données relatives à son domaine
- Éthique et déontologie médicale
- Conduite de projetCandidature
Procédure : Envoyer un mail a pierre-yves.boelle@upmc.fr et karim.labreche@iplesp.upmc.fr
Date limite : 31 décembre 2022
Contacts
Karim Labreche
kaNOSPAMrim.labreche@iplesp.upmc.fr
Offre publiée le 12 octobre 2021, affichage jusqu'au 3 novembre 2021