Mots-Clés

Lymphomes OMICS NGS Bulk et single-cell

Description

Définition générale du poste

Post-doctorant ou ingénieur bio-informaticien expérimenté/senior (2 années d'expérience minimum) pour analyse de données OMICS

Présentation et caractéristiques générale du laboratoire

Chefs d'équipe : Dr Laurent GENESTIER - Pr Emmanuel BACHY

Description de l'équipe de Recherche dans laquelle vous évoluerez

LIB est une équipe dynamique s'intéressant à différentes problématiques fondamentales, appliquées et cliniques en onco-hématologie. Nous avons à cœur de soulever des questions au enjeux médicaux et biologiques forts en utilisant des outils à la pointe de la technologie et de la bio-informatique? a la recherche de biomarqueurs pronostiques/prédictifs, ou encore de cibles pour le traitement des lymphomes et leucémies, nous avons recours à des méthodes d'analyse à haut débit (RNA Seq, ATAC seq, ...) sur des échantillons issus de la clinique ou d'expérimentations in vivo et in vitro. Dans le cadre de l'évolution de l'équipe et notamment de la génération de plus en plus importante de données multi-OMICS, nous souhaitons renforcer notre pôle bio-informatique aujourd'hui déjà composé de cinq bio-informaticiens rattachés à l'équipe travaillant en étroite collaboration avec le cellule bio-informatiques et bio-statistique des Hospices Civiles de Lyon (HCL).

Principales activités du poste 

Vous travaillerez sur un ou plusieurs projets de Recherche et Développement en fonction des besoins de l'équipe et de vos motivations.

Vos activités consisteront à :

- Développer des pipelines d'analyse de données d'ATAC-Seq et RNA-Seq obtenus ou en cours d'obtention sur des centaines d'échantillons triés de patients atteints de lymphomes :

    - Bulk et single-cell (technologie Chromium 10x, séquençage local sur NextSeq 500 Illumina ou via prestataire)

    - Analyses supervisée et non supervisées pour l'identification de gènes/transcrits d'intérêts

    - Machine learning pour l'aide au diagnostic anatomopathologique sur le bulk (random forest, SVM,..)

    - Déconvolution du signal tumoral dans le bulk

    - Variant calling sur les reads obtenus à partir de l'ATAC-seq

- Construction de réseaux d'expression génique / Recherche de voies de signalisation d'intérêts :

    - Corrélation de l'état épigénétique (ATAC-Seq) avec l'expression génique au niveau transcriptionnel (RNA-Seq)

    - Recherche de facteurs de transcription impliqués dans la lymphomagénèse

    - Recherche de la cellule d'origine par le profil "épigénétique"

- Veille bibliographique :

    - Veille constante de nouveaux outils bio-informatiques développés dans le cadre de la génération de données NGS

    - Mise en œuvre ou développement d'analyses bio-informatiques originales et pertinentes pour le(s) projet(s) issues ou inspirées de la littérature scientifique récente

Profil, compétences et connaissances associées requises

- Profil :

Vous appréciez l'interdisciplinarité et aimez travailler avec des collaborateurs de niveaux et disciplines différents. L'esprit d'équipe et la collaboration sont des aspects indispensables de ce poste. De plus vous aimez la recherche et vous vous intéressez à des sujets de Biologie et de Médecine. enfin, motivé et doté d'un bon relationnel, vous faite preuve d'esprit critique positif et d'autonomie.

- Compétences et connaissances :

    - Expériences en traitement de données NGS bulk et single-cell, notamment ATAC-Seq et RNA-Seq

    - Maîtrise des logiciels d'alignement de séquences et de quantification des transcrits (Bowtie2, STAR ou autres), d'analyse différentielle (Deseq2...), de peak calling (MACS2 ou autre), analyses supervisées et non supervisées (PCA, analyse différentielle, clustering, ...)

    - Connaissances en biologie souhaitables

- Facultatif mais souhaitable

    - Utilisation de ggplot

    - Utilisation d'algorithmes de machine learning (random forest)

    - Utilisation d'algorithmes de déconvolution (CIBERSORTx, Non-Negative Matrix Factorization ou autres)

Qualités requises
    - Qualités relationnelles

    - Esprit d'équipe

    - Autonomie et esprit d'initiative

Conditions de travail - Évolution du poste

    - Plages horaires du laboratoire : 8h30-18h30

    - Horaires de travail : 100% sur 5 jours et 35h par semaine

    - Durée du poste : CDD de 3 ans financés par les Hospices Civils de Lyon

    - Salaire brut minimum de 48000€/an selon expérience

Interlocuteurs privilégiés

    - Chefs d'équipe : Dr Laurent et Pr Emmanuel Bachy

    - Bio-informaticiens (Sylvain Maréchal, Claire Bardel, Boris Lipinski, Edith Julia)

    - Bio-statisticien (Pr Delphine Maucort-Boulch)