Mots-Clés

microARN single cell RNA-seq (sequençage d'ARN à l'échelle de la cellule unique) cancer

Description

Contexte

Les microARN sont de petits ARN d’une vingtaine de nucléotides. Ils sont des régulateurs majeurs de l’expression des gènes codants pour les protéines. Ils peuvent donc agir sur les voies de signalisations de protéines (en les réprimant ou en les exacerbant). A ce titre, les microARN ont été montrés comme impliqué dans plusieurs étapes de la cancérogénèse. Depuis une dizaine d’années, le séquençage d’ARN à l’échelle de la cellule unique a permis de mieux caractériser les tumeurs. Ainsi, plusieurs jeux de données publiques existent. Pour les microARN, la technique est récente et difficile à mettre en œuvre. Peu de jeux de données existent.

Objectifs

L’objectif du projet est de prédire le niveau d’expression des microARN à l’échelle de la cellule unique, en utilisant astucieusement les jeux de données publiques d’ARNm. A partir des quelques données de séquençage des miARN à l’échelle de la cellule unique, les performances de la méthode seront évaluées. Enfin, en fonction du temps disponible, les voies de signalisation qui impliquent les microARN les plus intéressants seront prédites. Le stage se focalisera principalement sur les carcinomes du rein et de la glande surrénale qui sont deux cancers d’étude de l’équipe. L’environnement de recherche consiste en une petite équipe, dynamique, constituée à la fois de biologistes et de bioinformaticiens.

2 Publications de l'équipe en rapport avec le projet

1. Giroux, P., Bhajun, R., Segard, S., Picquenot, C., Charavay, C., Desquilles, L., ... & Guyon, L. (2020). miRViz: a novel webserver application to visualize and interpret microRNA datasets. Nucleic Acids Research.

2. Cherradi N. microRNAs as Potential Biomarkers in Adrenocortical Cancer: Progress and Challenges. Front Endocrinol (Lausanne). 2016;6:195.

Niveau requis : Etudiant en M2 ou école d’ingénieur avec un bon classement (top 20%), une connaissance des outils informatique (R idéalement) et un intérêt pour la recherche fondamentale sur le cancer. L’étudiant perçoit une gratification.

Durée : 4-6 mois

Poursuite en thèse : souhaitée mais non obligatoire

Lien : http://laurent.guyon.phd.free.fr/