Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Immunogénétique, Pymol, structure 3D, HLA, site web open access

Description

Titre : HLA-3Diff, un nouvel outil de la suite web Easy-HLA pour mesurer les différences de structure 3D entre les allèles HLA

Encadrant : Nicolas Vince (nicolas.vince@univ-nantes.fr), Léo Boussamet (leo.boussamet@etu.univ-nantes.fr)

Objectif : L’objectif du stage est de créer et d’ajouter un nouvel outil au site Easy-HLA : HLA-3Diff. L’étudiant devra modéliser les structures 3D des allèles HLA puis les comparer entre elles afin de mesurer leurs différences de conformation grâce au score RMSD. Ceci permettra d’obtenir une base de données complète de différences 3D entre allèles HLA. Cette base de données devra ensuite être implémentée en tant que nouvel outil dans la suite web Easy-HLA (hla.uni-nantes.fr).

Résumé : Le système HLA joue un rôle clé dans la gestion et le succès des transplantations. En effet, la pérennité des greffons est étroitement liée aux compatibilités HLA entre le donneur et le receveur. Malgré l'utilisation efficace d'immunomodulateurs, il semble que certaines incompatibilités soient plus immunogènes que d'autres, notamment en ce qui concerne le risque d’apparition d'anticorps de novo spécifiques du donneur (DSA). L'appariement des épitopes HLA permet une meilleure résolution par rapport aux allèles, mais de nouveaux outils prenant en compte les propriétés individuelles des acides aminés sont en développement. Notre projet propose la mise en œuvre d'un nouveau score d’immunogénicité basé sur les structures 3D des protéines HLA (HLA-3Diff) et son intégration à notre site web Easy-HLA (hla.univ-nantes.fr) qui contient déjà de nombreuses fonctionnalités dédiées au HLA. Concrètement, les différentes protéines du HLA seront modélisées en 3D par homologie avec des structures connues. Les différences structurelles entre les protéines seront mesurées grâce au score RMSD, chaque couple d’allèle HLA sera superposé pour obtenir un tableau des scores. Nous validerons ces scores avec 2 cohortes de patients transplantés, une de greffe de rein et l’autre de cellules souche hématopoïétiques, et les comparerons aux scores précédemment établis (allélique, épitopique). HLA-3Diff a pour but de faciliter l’accès à ce score au plus grand nombre pour permettre de mieux mesurer l’effet du HLA sur les différents risques liés à la greffe comme la survie à long terme ou encore le risque de rejets.