Mots-Clés

Bioinformatique RNAseq Biologie Moléculaire

Description

En raison de la législation régissant l'utilisation des mammifères dans les études expérimentales, les modèles animaux invertébrés rencontrent un succès croissant et notamment lors de l'évaluation des risques des produits chimiques.

En particulier, ils servent de bioindicateurs pour surveiller la pollution de l'environnement. Ainsi, dans les études d'écotoxicologie dédiées à la pollution des sols, les escargots terrestres sont appréciés en raison de leur mode de vie à l'interface air-sol. Les gastéropodes terrestres sont bien connus pour bioaccumuler et neutraliser les métaux traces soit dans les granules lysosomaux, soit par liaison à la metallothionéine. La glande digestive des escargots à une grande affinité pour les métaux en raison de sa capacité d'absorber les matières particulaires.

Les cellules environnantes de la glande digestive comme celles du rein sont quant à elles responsables de l'absorption, de la phagocytose, de l'accumulation et de l'excrétion des métaux pendant la digestion. Ainsi les reins sont associés à l'absorption et à l'excrétion urinaire des composés.

Jusqu'à présent peu d'indicateurs robustes de la fonction rénale et des effets néphrotoxines sont disponibles chez l'escargot. Des résultats obtenus par spectroscopie H-RMN chez Helix aspersa maxima, un escargot de jardin ont permis l'identification de biomarqueurs métaboliques de l'exposition au méthomyl (Devalckeneer et al., 2019), un pesticide retiré du marché en raison de ses effets adverses chez l'homme. Plus récemment, nous avons profilé le métabolisme rénal d'escargots exposés au cadmium. Les données recueillies dans le tissu rénal ont permis de pointer des altérations dans certaines voies biochimiques et de signalisation. Cette signature métabolomique pourrait servir d'indicateurs précoces de néphrotoxicité dans cette espèce, mais également de bioindicateurs pour évaluer la qualité écotoxique d'un sol.

Problématique :

Afin de valider ces biomarqueurs, une approche transcriptomique global (RNAseq) sera réalisée pour comparer l'abondance des différents transcrits entre mollusques et tissu rénal exposés ou non au cadmium. Les différentes extractions ARN ont été réalisée en vue de procéder au séquençage par illumina (NextSeq550) en paired-ends (2x150). Étant donné que le génome Helix aspersa maxima n'a pas encore été caractérisé, une approche de novo devra être réalisé par le candidat, préalable nécessaire pour pouvoir ensuite comparer l'ensemble des modalités.