Optimisation de la production d’acides gras impairs chez la levure Yarrowia lipolytica

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   LBBE UMR CNRS 5558 · Villeurbanne (France)

 Date de prise de poste : 17 janvier 2022

Mots-Clés

métabolisme du propionate Yarrowia lipolytica dynamic Flux Balance Analysis

Description

Optimisation de la production d’acides gras impairs chez la levure Yarrowia lipolytica

Co-tutelle :

  • Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE), Université Claude Bernard Lyon 1
  • Institut MICALIS, équipe BIMlip (INRAE, AGROPARISTECH, Univ. Paris-Saclay)

Sujet de stage :

Contexte : Les huiles microbiennes sont considérées comme des alternatives prometteuses aux combustibles fossiles qui suscitent de plus en plus de préoccupations environnementales et énergétiques. Les acides gras à chaîne impaires (AGI), un type de lipide inhabituel, sont des composés d’intérêt ayant diverses applications biotechnologiques (médical, alimentaire, etc.).

Objectifs : L'objectif étant de mieux comprendre le métabolisme du propionate (transport, activation, voies métaboliques impliquées et gènes correspondant) afin d’augmenter la biomasse, la croissance et la production de lipides riches en AGI. Pour cela, on souhaite développer un modèle métabolique à l’échelle du génome afin de comprendre le comportement de la levure Yarrowia lipolytica face à des modifications du milieu (augmentation de substrats) et à des modifications de gènes (surexpression/inhibition d’enzyme). On utilisera des méthodes à base de contraintes (Flux Balance Analysis, Dynamic Flux Balance Analysis) pour simuler le modèle et tester des cibles potentielles permettant d’augmenter la production d’acides gras impairs et la croissance.

Travail demandé :

  •  Adaptation du modèle existant (MODEL1508190002) au projet de recherche (ajout/suppression de réactions)
  • Calibrer le modèle avec les données expérimentales de l’équipe BIMlip à l’institut Micalis
  • Tester/proposer des cibles pour augmenter simultanément la quantité d’acides gras impairs et la biomasse

Profil recherché :

  • Etudiant(e) en Master 2 de bio-informatique
  • Bonnes connaissances en métabolisme
  • Python
  • Modélisation des réseaux métaboliques (modélisation à base de contraintes) serait un plus

Lieu du stage : LBBE, Université Claude Bernard Lyon 1 avec quelques déplacements possibles à l’institut Micalis Jouy-en-Josas.

Contacts : Sabine Peres (sabine.peres@univ-lyon1.fr) et Jean-Marc Nicaud (jean-marc.nicaud@inrae.fr)

Références :

  • Engineering precursor pools for increasing production of odd-chain fatty acids in Yarrowia lipolytica. Young-Kyoung Park, Florence Bordes, Fabien Letisse & Jean-Marc Nicaud. Metabolic Engineering Communications, Volume 12, 2021. https://doi.org/10.1016/j.mec.2020.e00158
  • Fine-tuning mitochondrial activity in Yarrowia lipolytica for citrate overproduction. da Veiga Moreira J., Jolicoeur M., Schwartz L. & Peres S. In Scientific Reports, 11:878, 2021. https://doi.org/10.1038/s41598-020-79577-4

Candidature

Procédure :

Date limite : 15 décembre 2021

Contacts

Sabine Peres

 saNOSPAMbine.peres@univ-lyon1.fr

Offre publiée le 26 octobre 2021, affichage jusqu'au 15 décembre 2021