Mots-Clés

variations structurales génomes nextflow

Description

Innolea, société de recherche en Oléagineux pour les semenciers français : Euralis, RAGT et Limagrain recherche un stagiaire pour 6 mois en M2 de bioinformatique.

Les missions du stagiaire⋅e recruté⋅e se dérouleront dans le cadre de la plateforme bioinformatique d’Innolea (https://innolea.fr/). L’étudiant participera à l’analyse des génomes d’oléoprotéagineux acquis par Innolea. Chez les plantes, les Variations Structurales (SV) jouent un rôle important, entraînant des variations phénotypiques permettant l'adaptation à différents environnements. L'approche de re-séquençage, avec de grandes lectures de séquences d'ADN à partir de génotypes individuels alignées sur un génome de référence permet de mettre en évidence des SV.

Le stagiaire commencera par évaluer des outils bioinformatiques permettant l’identification de variants structuraux avec des données de reséquençage long reads. Il réalisera un workflow nextflow d’analyse de données adapté pour nos espèces. Enfin il participera à la visualisation et l’interprétation de ces résultats.

Profil recherché

• Master2 en bioinformatique

• Bonne culture générale en génomique, en analyses de données NGS.

• Maîtrise de Unix, Python, Git

• Connaissance d’un système de conteneurisation (Docker ou singularity), d’un gestionnaire de workflows (nextflow de préférence).

• Maîtrise de l’anglais technique.

• Qualités attendues : rigueur, organisation, autonomie • Sens du travail en équipe et du service.