Ingénieur(e) bioinformaticien(ne)

 CDD · Ingénieur autre  · 12 mois (renouvelable)    Bac+5 / Master   PLATEFORME GENOMIQUE HÔPITAL HENRI MONDOR - AP-HP. · Créteil (France)  GRILLE SALARIALE BIOINFORMATICIEN AP-HP

 Date de prise de poste : 1 décembre 2021

Mots-Clés

génomique constitutionnelle et somatique oncogénétique développement scripts containers

Description

PRESENTATION DU LIEU D'EXERCICE

La plateforme de génomique de l'hôpital Henri Mondor assure une activité de service de PCR et de séquençage transversal partagée entre le département de génétique, le département de pathologie, le département d’hématologie-immunologie biologiques et de microbiologie. Elle assure plus particulièrement les examens de diagnostic innovant par techniques de séquençage à haut débit.

MISSIONS GÉNÉRALES :

- Développer et maintenir des pipelines d’analyse de données génétiques constitutionnelle et somatique (ou oncogénétique);

- Contribuer au fonctionnement de l’équipe Bioinformatique de la plateforme

- Réécriture / optimisation de pipelines d’analyses avec mise en place de conteneurs et de tests unitaires, jeux de validation

- Développement d’outils spécifiques au diagnostic clinique avec recherche bibliographique, évaluation d’outils publiés, mise en place d’approches originales

MISSIONS PERMANENTES :

- Développement des progiciels et programmation nécessaires à l'exploitation des données biologiques et médicales, conformément aux recommandations des sociétés savantes

- Paramétrage des outils, logiciels, systèmes relevant de son domaine d'activité

- Traitement et analyse de l'information/données médicales et/ou biologiques

- Veiller au maintien des outils bio-informatiques lors des pannes pouvant survenir.

- Formation de personnes aux techniques et procédures de son domaine, et à leur application

MISSIONS PONCTUELLES OU SPÉCIFIQUES :

- Participe à des congrès concernant son domaine d’activité

- Evalue la faisabilité des projets avec l’équipe médicale et paramédicale

- Participe aux études et aux travaux dans son domaine de recherche

- Participe à la diffusion et valorisation des résultats (rapports, publications, communications).

COMPETENCES REQUISES,  SAVOIR-FAIRE REQUIS

• Maîtriser l’environnement Linux, Shell/bash.

• Maîtriser au moins l’un des langages de programmation suivants (idéalement avoir de l’expérience sur plusieurs d’entre eux) : python, java, R ou autre langage orienté objet

• Utilisation des outils de développement collaboratif (git)

• Connaissance d’un langage de workflow (nextflow (idéalement) ou snakemake)

• Connaissances de base en génétique constitutionnelle et somatique et concernant les données de séquençage à haut débit, intérêt pour le travail en milieu hospitalier.

CONNAISSANCES ASSOCIEES

• Maîtrise de l’anglais scientifique • Des compétences dans l’un ou plusieurs domaines suivants seraient un gros plus : utilisation de cluster de calcul (SLURM ou autre)

• Concevoir et modéliser une solution informatique, à partir d'un besoin métier

• Programmer dans différents environnements informatiques

• Utiliser les logiciels métiers

• Adapter et optimiser le fonctionnement des équipements, des installations, des systèmes, des méthodes de travail dans son domaine de compétence

• Concevoir, actualiser, optimiser une base de données, relatives à la nature de ses activités

• Analyser les propriétés moléculaires et cellulaires des données biologiques

• Rechercher, sélectionner, exploiter et capitaliser les informations liées à la veille dans son domaine d'activité

• Conduire et animer des réunions, Travailler en équipe/en réseaux

Candidature

Procédure : Personnes à contacter : Murielle Bordes (murielle.bordes@aphp.fr) ; Christophe Rodriguez (christophe.rodriguez@aphp.fr) ; Abdel Aïssat (abdelrazak.aissat@aphp.fr) et la Direction des Ressources Humaines via Jérôme Pieuchard ; Téléphone : 01.49.81.50.12 ; Courriel : candidature.ds@aphp.fr ; préciser le code métier : 05L80

Date limite : 1 janvier 2222

Contacts

Abdel Aïssat ; Christophe Rodriguez ; Murielle Bordes

 abNOSPAMdelrazak.aissat@aphp.fr

Offre publiée le 29 octobre 2021, affichage jusqu'au 1 janvier 2022