M2: Développement et évaluation de pipelines bioinformatiques hybrides (CPU & GPU) pour le traitemen
Stage · Stage M2 · 6 mois Bac+5 / Master CEA Grenoble · Grenoble (France)
Date de prise de poste : 7 février 2022
Mots-Clés
Multi-omique Bioinformatique GPUs Pipelines
Description
Offre: Stage Master 2 Bioinformatique (CEA, Grenoble)
Sujet: Développement et évaluation de pipelines bioinformatiques hybrides (CPU & GPU) pour le traitement de données multi-omiques en oncologie
Contexte: Le projet KATY (https://katy-project.eu/), financé par le programme-cadre Horizon 2020 de l'Union européenne, s'est fixé pour objectif de créer un système de médecine personnalisée précis reposant sur l'intelligence artificielle (IA). Le nouvel outil d'IA vise à prédire la réponse du cancer du rein aux thérapies ciblées et à identifier les preuves moléculaires interprétables et explicables pour étayer ces prédictions. Pour atteindre ces objectifs, nous construirons une infrastructure informatique pour héberger et interroger des données biologiques, cliniques et omiques, en accord avec les normes de protection et de confidentialité des données de santé.
Objectif: Les objectifs sur lesquels travaillera le/la stagiaire recruté(e) sont doubles : (i) Participer à l’homogénéisation des données multi-omiques déjà collectées. Les traitements homogènes des données seront effectués sur la base des meilleures pratiques bioinformatiques établies avec les chercheurs du consortium KATY (ii) Participer au développement et à l’évaluation de pipelines bioinformatiques hybrides, en intégrant des outils développés pour les CPUs et les GPUs. Ces développements se feront en adoptant les bonnes pratiques liées à la reproductibilité des analyses: utilisation de languages et moteurs de pipelines et de conteneurs.
Déroulement du stage: Le stage se déroulera au sein de l’environnement de travail pluridisciplinaire du consortium KATY et en collaboration avec NVIDIA. Dans son travail quotidien, le/la stagiaire pourra intéragir avec une ingénieure, un thésard et un chercheur en bioinformatique. Le/la stagiaire acquiera au cours de ce stage de l’expérience dans l’analyse bioinformatique des données multi-omiques et dans le développement et l’évaluation de pipelines implémentés selon les bonnes pratiques bioinformatiques. Il/elle contribuera enfin à la rédaction d’une publication valorisant ce travail.
Laboratoire d’accueil: Le stage se déroulera dans l’équipe IMAC du laboratoire Biosanté (UMR2192, INSERM-UGA-CEA, https://biosante-lab.fr/Pages/Presentation.aspx) de l’Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG) du CEA Grenoble. Le/La stagiaire sera intégré au sein d’un environnement de recherche multi-disciplinaire composé de biologistes et de bioinformaticiens. Il/elle pourra bénéficier d’une infrastructure de calcul performante pour réaliser ses développements bioinformatiques et ses analyses de données.
Profil de candidat souhaité:
Connaissance des données omiques
Expérience en bioinformatique
- language de programmation Python/R
- unix en ligne de commande
- traitement, exploration et visualisation de données omiques
- statistique
Aptitude professionnelle
- curiosité et volonté d'améliorer ses compétences scientifiques et technologiques et sa productivité
- rigueur et organisation
- capacité à travailler en équipe et à interagir avec d’autres étudiants, ingénieurs et chercheurs
Nature du contrat proposé: Stage M2 en bioinformatique ou de fin d’étude d’ingénieur de 6 mois à partir de Février 2022. Merci d’envoyer un CV, une lettre de motivation ainsi que le nom d’un référent à christophe.battail@cea.fr.
Candidature
Procédure : Merci d’envoyer un CV, une lettre de motivation ainsi que le nom d’un référent à christophe.battail@cea.fr.
Date limite : 3 janvier 2022
Contacts
Christophe Battail
chNOSPAMristophe.battail@cea.fr
Offre publiée le 29 octobre 2021, affichage jusqu'au 3 janvier 2022