Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Multi-omique Bioinformatique GPUs Pipelines

Description

Offre: Stage Master 2 Bioinformatique (CEA, Grenoble)

Sujet: Développement et évaluation de pipelines bioinformatiques hybrides (CPU & GPU) pour le traitement de données multi-omiques en oncologie

Contexte: Le projet KATY (https://katy-project.eu/), financé par le programme-cadre Horizon 2020 de l'Union européenne, s'est fixé pour objectif de créer un système de médecine personnalisée précis reposant sur l'intelligence artificielle (IA). Le nouvel outil d'IA vise à prédire la réponse du cancer du rein aux thérapies ciblées et à identifier les preuves moléculaires interprétables et explicables pour étayer ces prédictions. Pour atteindre ces objectifs, nous construirons une infrastructure informatique pour héberger et interroger des données biologiques, cliniques et omiques, en accord avec les normes de protection et de confidentialité des données de santé.

Objectif: Les objectifs sur lesquels travaillera le/la stagiaire recruté(e) sont doubles : (i) Participer à l’homogénéisation des données multi-omiques déjà collectées. Les traitements homogènes des données seront effectués sur la base des meilleures pratiques bioinformatiques établies avec les chercheurs du consortium KATY (ii) Participer au développement et à l’évaluation de pipelines bioinformatiques hybrides, en intégrant des outils développés pour les CPUs et les GPUs. Ces développements se feront en adoptant les bonnes pratiques liées à la reproductibilité des analyses: utilisation de languages et moteurs de pipelines et de conteneurs.

Déroulement du stage: Le stage se déroulera au sein de l’environnement de travail pluridisciplinaire du consortium KATY et en collaboration avec NVIDIA. Dans son travail quotidien, le/la stagiaire pourra intéragir avec une ingénieure, un thésard et un chercheur en bioinformatique. Le/la stagiaire acquiera au cours de ce stage de l’expérience dans l’analyse bioinformatique des données multi-omiques et dans le développement et l’évaluation de pipelines implémentés selon les bonnes pratiques bioinformatiques. Il/elle contribuera enfin à la rédaction d’une publication valorisant ce travail.

Laboratoire d’accueil: Le stage se déroulera dans l’équipe IMAC du laboratoire Biosanté (UMR2192, INSERM-UGA-CEA, https://biosante-lab.fr/Pages/Presentation.aspx) de l’Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG) du CEA Grenoble. Le/La stagiaire sera intégré au sein d’un environnement de recherche multi-disciplinaire composé de biologistes et de bioinformaticiens. Il/elle pourra bénéficier d’une infrastructure de calcul performante pour réaliser ses développements bioinformatiques et ses analyses de données.

Profil de candidat souhaité:

Connaissance des données omiques

Expérience en bioinformatique

Aptitude professionnelle

Nature du contrat proposé: Stage M2 en bioinformatique ou de fin d’étude d’ingénieur de 6 mois à partir de Février 2022. Merci d’envoyer un CV, une lettre de motivation ainsi que le nom d’un référent à christophe.battail@cea.fr.