Stage M2 : Implémentation et étude d'un pan-génome de tomate

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   HM.Clause · LOIRE-AUTHION (France)  ~1100€/mois

 Date de prise de poste : 1 février 2022

Mots-Clés

Bioinformatique pan-génome

Description

Présentation de l'entreprise

Leader en France des semences potagères et filiale du groupe LIMAGRAIN (10 000 personnes sur les 5 continents), HM.Clause recrute un(e) stagiaire pour son activité Bioinformatique.


Contexte

Avec les nouvelles technologies de séquençage (long-reads Nanopore, PacBio HiFi, etc.) et la multiplication du nombre de séquences de génome disponibles, le stockage, la représentation et l’exploitation de l'information génétique sont devenus des enjeux critiques. Face à ce défi, les approches actuelles basées sur l’utilisation d’une unique séquence de référence montrent des limites dans la capacité de représentation des divergences entre les différents individus d’une espèce. En regroupant la variabilité génomique au sein d'une unique structure, les pan-génomes permettent d'accéder à des informations nouvelles et indispensables pour la compréhension des mécanismes internes des espèces.

L'implémentation  auprès des biologistes de pan-génomes et le développement d'outils d'interrogation dédiés sont les objectifs principaux de l’équipe bioinformatique d'HM.Clause pour répondre à des problématiques d'intérêt agronomique comme par exemple l'identification de gènes responsable de la résistance aux pathogènes.


Déroulement du stage

Le premier objectif du stage sera de participer à la finalisation de l'implémentation d'un pan-génome de tomate en utilisant un outil open-source (vg), permettant de construire des pan-génomes sous la forme de graphes de variation. Dans un second temps, le stagiaire devra travailler avec les équipes de recherche d’HM.Clause pour évaluer ce pan-génome et proposer des solutions pour répondre aux problématiques agronomiques identifiées.  A l'issue de cette analyse, le stagiaire participera à l'implémentation de ces solutions à travers le développement et l'amélioration des outils d'extraction du pan-génome.


Environnement

Le stage se déroulera dans le centre de recherche d'HM.Clause sur le site de La Bohalle, à proximité d'Angers (49), au sein de l'équipe de Biologie Computationnelle.

Durée: 6 mois, début entre janvier et mars 2022, selon les conditions du master, gratification à hauteur de 1100€/mois.



Référence


Hickey, G., Heller, D., Monlong, J. et al. Genotyping structural variants in pangenome graphs using the vg toolkit. Genome Biol 21, 35 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-020-1941-7

 

Garrison, Erik; Sirén, Jouni; Novak, Adam M; Hickey, Glenn; Eizenga, Jordan M; Dawson, Eric T; Jones, William; Garg, Shilpa; Markello, Charles; Lin, Michael F; Paten, Benedict; Durbin, Richard (2018). Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference. Nature Biotechnology, (), –. doi:10.1038/nbt.4227


Candidature

Procédure : Envoyer un mail de candidature avec CV et lettre de motivation à jordi.dalino@hmclause.com

Date limite : 1 mars 2022

Contacts

Jordi Dalino

 joNOSPAMrdi.dalino@hmclause.com

Offre publiée le 3 novembre 2021, affichage jusqu'au 1 mars 2022