Mots-Clés

assemblage annotation pangenome SNP

Description

Contexte : Le Mans Université (France) et l’Université Laval (Québec, Canada), recrutent un chercheur post-doctorant pour une durée de 1 an à compter du premier octobre 2021. Le contrat aura lieu les 6 premiers mois en France et les 6 derniers mois au Canada. Le projet de recherche a pour objectif d’analyser les ‘données omiques’ (génome et transcriptome) de différentes souches et espèces de diatomées du genre Haslea déjà existantes dans les laboratoires partenaires, pour valoriser ce matériel, aussi bien au niveau fondamental que pour des applications dans les biotechnologies bleues.

Problématique et objectifs : Les diatomées du genre Haslea sont des organismes marins, pour la plupart benthiques ou épiphytiques. L’espèce type H. ostrearia (Gaillon) Simonsen est connue pour produire un pigment bleu responsable du verdissement des huîtres : la marennine. Le genre Haslea est ubiquiste, comprenant plus de 40 espèces à travers le monde, dans des eaux tempérées pour la plupart, mais aussi tropicales ou polaires. Moins de 20% de ces espèces produisent des pigments bleus de type marennine. Ainsi, le genre Haslea est un modèle idéal pour explorer les trajectoires évolutives et adaptatives des diatomées sous des écosystèmes fluctuants. A l’heure actuelle, 6 espèces du genre Haslea, dont 2 polaires, ont été séquencées par les deux groupes, certaines avec une combinaison de long et short reads (ONT et Illumina). Ces efforts de séquençage ont révélé des petits génomes, 60-100 Mb, avec probablement une forte densité de gènes et un haut niveau de séquences répétées. Le but de ce projet est d’exploiter les données génomiques et transcriptomiques des espèces d’Haslea disponibles afin d’appréhender les mécanismes d’adaptation dans des environnements benthiques, en particulier entre les régions polaires et tempérées. Les retombées porteront à la fois sur la recherche fondamentale (évolution des génomes des diatomées, identification de voies de biosynthèse spécifiques) et les applications potentielles en biotechnologies (sélection de souches, composés à haute valeur ajoutée).

Profil du candidat : La/le candidat(e) devra avoir un profil bioinformatique porté sur l’analyse des données omiques : assemblage de génomes short et long reads, annotation, génomique comparative (pan génome, polymorphisme, sélection). Des connaissances en écologie et évolution moléculaire sont fortement souhaitées. Il/elle devra maîtriser l’environnement UNIX et divers langages (Bash, Python). Elle/il devra également faire preuve de rigueur, d’autonomie et de curiosité