Mots-Clés

Bioinformatique webdev bases de données microbiologie antibiorésistance.

Description

Informations générales

Intitulé de l'offre : Développeur•euse web/bases de données (WebDev) H/F
Référence : UMS3601-VALSAI-051

Lieu de travail : 15 rue traversière, Paris 75012
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
BAP E : Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
Emploi type : Ingénieur-e en ingénierie logicielle
Durée du contrat : 12 mois (renouvelable)
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : De 2500€ à 2900€ brut selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 36 plateformes et équipes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).
L'IFB a pour missions :
1 De mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …),
2. De répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins ;
3. D'anticiper les futurs développements du domaine ;
4. D'assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ;
5. De favoriser l'engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ;
6. D'assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel.

L'IFB est impliqué dans plusieurs projets applicatifs nationaux d'envergure dans différents domaines des Sciences de la Vie et de la Santé dont le projet ABRomics qui vise à développer une plateforme numérique intersectorielle sécurisée One Health pour rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées cliniques et épidémiologiques associées à un méta-réseau de chercheurs de 44 équipes comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques, des bioinformaticiens et mathématiciens et la communauté de recherche au sens large (https://www.france-bioinformatique.fr/actualites/abromics-une-plateforme-numerique-sur-la-resistance-antimicrobienne-pour-stocker-integrer-analyser-et-partager-des-donnees-multi-omiques/).
La plateforme répondra à deux objectifs principaux :
- Établir un référentiel de données microbiologiques multi-omiques structurées, interopérables, normalisées et bien annotées, d'origine humaine, animale et environnementale, avec des outils mathématiques et bioinformatiques adaptés permettant de répondre à des questions de recherche liées à l'antibiorésistance qui ne pourraient pas être abordées sans une telle plateforme.
- Mettre en place une plateforme partagée pour faciliter la surveillance de l'antibiorésistance en médecine humaine et vétérinaire, y compris les isolats environnementaux et alimentaires, afin de permettre la surveillance de la transmission et des épidémies d'agents pathogènes en temps quasi réel, avec des résultats exploitables par les autorités de santé publique. Les procédures de gestion des données FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) permettront des études rétrospectives.
La combinaison de ces deux objectifs est unique à ABRomics: en reliant l'investigation de terrain dans de multiples secteurs à la recherche fondamentale, nous pourrons aborder les problèmes cliniques et environnementaux les plus urgents en utilisant un arsenal actualisé d'outils mathématiques et bioinformatiques. Conformément à ces deux objectifs, ABRomics fournira une infrastructure unique de stockage et d'analyse des données aux diverses communautés qui s'attaquent au problème de la résistance aux antibiotiques.

Le développement de cette plateforme numérique sera assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.

Dans ce contexte, l'IFB recrute un•e Développeur•euse web/bases de données (WebDev) H/F afin de contribuer à la mise en place du portail d'analyse et d'interrogation de la base de données ABRomics à destination des cliniciens et utilisateurs de la plateforme.

Missions

Le- la développeur-euse web base de données sera chargé-e de :
- Participer au développement de la base de données ABRomics-DB
- Equiper cette bases de données d'interfaces conviviales et programmatiques,
- Assurer son déploiement sur les serveurs de l'IFB,
- Assurer l'intégration et la mise à jour des données

Il s'intégrera dans l'équipe incluant des compétences en webdev, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données, mais aussi dans la task force mutualisée de l'IFB, dont il bénéficiera de l'appui.

Activités

- Conception et développement de bases de données
- Conception et développement d'interfaces utilisateurs (GUI) et d'interfaces programmatiques (API)
- Participation à des réunions avec les partenaires du projet ABRomics pour assurer l'adéquation de la base de données avec les besoins des usagers
- Rédaction de documentations pour les usagers, les administrateurs et les développeurs,
- Assurer une veille technologique
- Participer à l'assistance et au support utilisateur.

Compétences

Expérience :
Minimum Bac+3 (Licence professionnelle) à Bac+5 (Master)
Une expérience en développement Django est vivement souhaitée

Connaissances techniques requises :
- Maîtrise du framework de développement Django
- Bonne Connaissance de Java script et des technologies web
- Bonne connaissance des Librairies graphiques, par exemple: plotly, chartJS, ...
- Bonne connaissance du modèle objet et des principaux patrons de conception (design patterns).
- Bonne connaissance des outils de test (unitaire) et des bonnes pratiques en qualité logicielle
-Bonne connaissance de l'outil de versionning Git et des outils associés: Github, Gitlab Bonne connaissance de l'intégration et du déploiement de services Web et API sur une infrastructure (django/python)
- Bonne connaissance Conception et requêtage de bases de données SQL
- Connaissance de solutions de virtualisation (docker, singularity)

Connaissances techniques appréciées :
- Bonne connaissance des cycles de développement en intégration continue
- Connaissance des méthodes d'authentification et des annuaires (openLDAP, OpenID connect, Keycloak)
- Connaissance des outils et technologies WEB (NGINX, Apache, etc.).
- Connaissance d'un outil de déploiement automatique (Ansible, Salt, ...).
- Connaissance des environnements Linux
- Culture du Logiciel Libre et Open Data

Compétences comportementales :
- Capacité à travailler en mode projet et en équipe.
- Réactivité, autonomie, initiative, rigueur.
- Être force de proposition
- Esprit d'équipe et sens de la collaboration.
- Capacité d'écoute et sens du contact.
- Prise de parole en public
- Capacité à travailler en réseau, avec les outils numériques modernes (messagerie instantanée, visioconférence).

Informations complémentaires

La personne s'intégrera dans l'équipe WebDev de l'IFB, et sera directement encadré par un ingénieur de cette équipe en lien étroit avec les autres activités de développements (workflows, bases de données, etc.) de la plateforme ABRomics. 

Il/elle participera, sur site et en télétravail, aux groupes de travail de l'IFB et du projet ABRomics pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements scientifiques.