Développeur•euse web H/F

 CDD · IE  · 12 mois (renouvelable)    Bac+3 / Licence   Institut Français de Bioinformatique (CNRS) · Paris (France)  2500€ à 2900€ brut selon expérience

 Date de prise de poste : 1 décembre 2022

Mots-Clés

Bioinformatique webdev workflow Galaxy base de données microbiologie antibiorésistance

Description

Informations générales

Intitulé de l'offre : Développeur•euse web H/F
Référence : UMS3601-VALSAI-052

Lieu de travail :  INSTITUT PASTEUR, 25-28 Rue du Dr Roux Paris 75015
Date de publication : vendredi 5 novembre 2021
Type de contrat : CDD Technique/Administratif
BAP : Informatique, Statistiques et Calcul scientifique
Emploi type : Ingénieur-e en ingénierie logicielle
Durée du contrat : 12 mois (renouvelable)
Date d'embauche prévue : 1 janvier 2022
Quotité de travail : Temps complet
Rémunération : De 2500€ à 2900€ brut selon expérience
Niveau d'études souhaité : Bac+5
Expérience souhaitée : 1 à 4 années


Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 36 plateformes et équipes régionales de bioinformatique et une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).

L'IFB a pour missions :

1. De mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …),
2. De répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins ;
3. D'anticiper les futurs développements du domaine ;
4. D'assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ;
5. De favoriser l'engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ;
6. D'assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel.

L'IFB est impliqué dans plusieurs projets applicatifs nationaux d'envergure dans différents domaines des Sciences de la Vie et de la Santé dont le projet ABRomics qui vise à développer une plateforme numérique intersectorielle sécurisée One Health pour rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées cliniques et épidémiologiques associées à un méta-réseau de chercheurs de 44 équipes comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques, des bioinformaticiens et mathématiciens et la communauté de recherche au sens large (https://www.france-bioinformatique.fr/actualites/abromics-une-plateforme-numerique-sur-la-resistance-antimicrobienne-pour-stocker-integrer-analyser-et-partager-des-donnees-multi-omiques/). 

La plateforme répondra à deux objectifs principaux :

- Établir un référentiel de données microbiologiques multi-omiques structurées, interopérables, normalisées et bien annotées, d'origine humaine, animale et environnementale, avec des outils mathématiques et bioinformatiques adaptés permettant de répondre à des questions de recherche liées à l'antibiorésistance qui ne pourraient pas être abordées sans une telle plateforme.

- Mettre en place une plateforme partagée pour faciliter la surveillance de l'antibiorésistance en médecine humaine et vétérinaire, y compris les isolats environnementaux et alimentaires, afin de permettre la surveillance de la transmission et des épidémies d'agents pathogènes en temps quasi réel, avec des résultats exploitables par les autorités de santé publique. Les procédures de gestion des données FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) permettront des études rétrospectives.

La combinaison de ces deux objectifs est unique à ABRomics: en reliant l'investigation de terrain dans de multiples secteurs à la recherche fondamentale, nous pourrons aborder les problèmes cliniques et environnementaux les plus urgents en utilisant un arsenal actualisé d'outils mathématiques et bioinformatiques. Conformément à ces deux objectifs, ABRomics fournira une infrastructure unique de stockage et d'analyse des données aux diverses communautés qui s'attaquent au problème de la résistance aux antibiotiques.
Le développement de cette plateforme numérique sera assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.

Dans ce contexte, l'IFB recrute un•e Développeur•euse web H/F afin de contribuer à la mise en place du portail d'analyse et d'interrogation de la base de données ABRomics à destination des cliniciens et utilisateurs de la plateforme. L'interface utilisateur simple et ergonomique permettra le lancement de workflows d'analyse développés par le consortium et s'appuiera sur l'instance usegalaxy.fr pour le chaînage des outils et la soumission des jobs sur le cluster de l'IFB. L'interface intégrera aussi un volet pour la consultation des données produites par les différentes plateformes du consortium et à la visualisation des résultats d'analyses des données.

Missions

- Développer l'interface utilisateur permettant la gestion des données
- Développer le moteur d'exécution lié à Galaxy permettant la soumission et la gestion des analyses
- Développer l'interface de visualisation des résultats des données
- Développer l'interface programmatiques (API)

Activités

- Conception et développement de bases de données
- Conception et développement d'interfaces utilisateurs (GUI) et d'interfaces programmatiques (API)
- Participation à des réunions avec les différentes plateformes du consortium concernant le développement de l'interface utilisateur et des bases de données
- Rédaction de documentations pour les usagers, les administrateurs et les développeurs,
- Assurer une veille technologique
- Participer à l'assistance et au support utilisateur


Compétences

Expérience
- Master en Bioinformatique ou informatique
- Une expérience de framework web est un pré-requis (Django est un plus)
- Une connaissance de Javascript sera considérée comme un avantage
- Une expérience UX design front office est un plus
- Une expérience dans le développement collaboratif (ex, GitHub/GitLab) et de ressources ouvertes est un plus

Connaissances
- Conception de modèles de base de données et d'architectures Modèle-Vue-Contrôleur
- Bonne connaissance du modèle objet et des principaux patrons de conception (design patterns).
- Bonne connaissance de l'outil de versionning Git et des outils associés: Github, Gitlab Bonne connaissance de l'intégration et du déploiement de services Web et API sur une infrastructure (django/python)
- Bonne connaissance de la conception et du requêtage de bases de données SQL
- Bonne connaissance du Français
- Bonne connaissance de l'Anglais

Compétences opérationnelles
- Frameworks Web
- Python 3
- Systèmes de contrôle de version : git
- Django
- Javascript
- Cycles de développement et de gestion logicielle
- Formats d'échange de données (e.g. JSON, XML, YAML)
- Base de données Postgresql
- La connaissance de compétence DevOps est un plus : intégration continue, Ansible, ...

Compétences comportementales
- Travail en équipe
- Travail à distance
- Communication, écoute et dialogue avec des collaborateurs d'autres disciplines, afin d'exposer les options technologiques et de discuter de leurs conséquences.
- Autonomie, Rigueur
- Être force de proposition


Informations complémentaires

La personne s'intégrera dans l'équipe “Hub bioinfo” et sera directement encadré par un ingénieur de cette plateforme bioinformatique, en étroite collaboration avec plusieurs ingénieurs de l'IFB impliqués dans le développement de la plateforme numérique ABRomics.

Il/elle participera, sur site et en télétravail, aux groupes de travail de l'IFB et du projet ABRomics pertinents pour sa mission. Le travail nécessitera des déplacements occasionnels en France et à l'étranger pour participer à des réunions, des formations ou des événements scientifiques.

Candidature

Procédure : OBLIGATOIRE: votre dossier de candidature doit être déposé sur le portail du CNRS

Date limite : 6 décembre 2021

Contacts

Valentin Saint Leger

 vaNOSPAMlentin.saint-leger@france-bioinformatique.fr

 https://bit.ly/3nXbQvT

Offre publiée le 8 novembre 2021, affichage jusqu'au 6 décembre 2021