Mots-Clés

Oncology Bio-informatique séquençage

Description

L’équipe Bio-informatique a implémenté en routine un grand nombre de workflows pour permettre l’analyse des applications les plus communes en génétiques et épigénétiques (séquençage de génomes entiers, d'exomes ou de panels de gènes, séquençage d'ARN (miRNAs, 3’RNAs, …), étude de la méthylation de l'ADN, …. De nombreuses espèces sont prises en charge : humain, souris, rat, chien, cheval, …. et de l’ordre de 4 To de données génomiques sont générées chaque semaine. La plate-forme gère l'ensemble du processus de l’analyse primaire (démultiplexage des données brutes, séquenceurs Illumina et ThermoFisher) jusqu’à l’analyse tertiaire (annotation des fichiers vcf, classification par Tiers, impacts biologiques et thérapeutiques, ...).

En rejoignant cette équipe vous prendrez en charge la maintenance et le développement de nouveaux algorithmes destinés aux différentes analyses.

Vous agirez par ailleurs comme un interlocuteur privilégié à la croisée de trois chemins :

• Vous communiquerez avec les équipes scientifiques pour comprendre les directions à prendre dans les nouvelles analyses
• Vous collaborerez étroitement avec les équipes d’infrastructure IT afin d’optimiser les code et l’infrastructure destinée à exécuter les différents algorithmes ;
• Vous collaborerez également avec les développeurs d’application en charge de présenter les résultats exploitables par les clients finaux.

Les défis majeurs que vous prendrez en charge :

•  Appréhension des différents workflows bio-informatiques aujourd’hui en production
• Élaboration de cahiers des charges pour la communication et la mise en place d’outils pour l‘ équipe de développement des applications. • Veille technologique et scientifique dans le domaine du traitement de données issues de la génomique et transcriptomique
• Réalisation de benchmarks permettant d'évaluer et de comparer les solutions logicielles les plus adaptées aux demandes
• Améliorer sans cesse les outils internes et les pipes d’analyses en suivant l’évolution rapide des technologies de séquençage ainsi que les mises à jour d’outils standards par la communauté scientifique
• Identifier et exploiter les possibles optimisations
• Analyser les QC et détecter (et résoudre) les problèmes qui ont pu survenir durant l’exécution des pipes

Dans un environnement de santé, vous apprendrez à respecter des normes strictes qualité, de fiabilité des résultats, de sécurité des informations. Les développements s’appuieront sur les dernières technologies de bio-informatique. Enfin, au-delà des applications dont vous vous occuperez, vous participerez à construire et échanger les bonnes pratiques d’IntegraGen : vous saisirez les opportunités de formations continue tant externes qu’internes, et vous partagerez vos connaissances et expériences avec vos pairs.

Vous êtes dynamique, autonome, force de proposition

Compétences techniques :

• Maîtrise de la programmation scriptée : Python, bash (environnement Unix), R
• Une solide expérience en analyse de données NGS • Bonne connaissance des algorithmes et outils de détection dans l’analyse de génétique humaine et plus particulièrement en oncologie et transcriptome (GATK, Picard, STAR, …)
• Compréhension des environnements conteneurisés (Docker, Kubernetes) • Adepte de gestionnaire de versionning: git, github
• Agilité, force de proposition, autonomie ; une expérience de terrain avec les méthodes Scrum est un plus Compétence non-techniques :
• Communication structurée (orale et écrite) en Anglais et Français
• Capacité à reformuler/vulgariser une problématique scientifique
• Autonomie
• Respect des délais convenus
• Esprit d’équipe