Mots-Clés

analyse comparée, SNPs, evolution, domestication, mapping

Description

Au sein de l'équipe PaleoEVO (http://bit.ly/PaleoEvo) de l'UMR UCA-INRAE 1095 GDEC (https://www6.clermont.inrae.fr/umr1095/), Le/la candidat(e) participera à un projet visant à comparer les génomes de génomes de plantes à fleurs, notamment les céréales. La comparaison de ces génomes doit permettre (1) le recensement des gènes conservés et ceux spécifiques de ces espèces ainsi que les fonctions biologiques associées pour la reconstruction de scénario évolutifs ainsi que des réarrangements génomiques majeurs associés (pour référence Murat et al. 2017) ; (3) l'intégration de données omiques (transcriptome/méthylome) pour l'analyse de l'impact de l'évolution des espèces sur la régulation des gènes; (3) l'exploitation de données de reséquençage d'individus de ces espèces pour d'étudier la dynamiquie évolutive des séquence de gènes (pour référence Pont et al. 2019). L’équipe d’accueil assure l’accès aux outils et ressources informatiques nécessaires à la pleine réalisation du projet.

compétences:

Maîtrise de langages de programmation (C, perl, JAVA, SQL, R, …) ainsi que des outils d’interfaçage (HTML, CGI MySQL, PHP, perl CGI) appliqués aux systèmes d'exploitation en génomique (IRIX, Linux, SOLARIS, OSF1, MacOS X). Exploitation des séquences (comparaison de séquences, utilisation de banque de données biologiques, alignements multiples, détection/annotation de gènes, phylogénie…). Maîtrise des techniques de sélection, exploration, modification et modélisation de grandes bases de donnée

Références:

Murat F et al. Reconstructing the genome of the most recent common ancestor of flowering plants. Nat Genet. 2017; 49(4):490-496. doi: 10.1038/ng.3813. Pont et al. Tracing the ancestry of modern bread wheats. Nat Genet. 2019; 51(5):905-911. doi: 10.1038/s41588-019-0393-z.