Stage M2 R&D: Développement d’un panel d’assignation de parenté chez la mouche soldat noire

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   SYSAAF · Nouzilly (France)

 Date de prise de poste : 7 février 2022

Mots-Clés

Développement de SNPs Bioinformatique Génomique Génétique Statistique, R

Description

Description du Stage:

L'élevage d'insectes s'est révélé être une alternative respectueuse de l'environnement face à l'élevage conventionnel qui nécessite plus de ressources naturelles. Parmi les insectes utilisés en entomoculture, la mouche soldat noire (BSF) apparaît comme une espèce intéressante car ses larves sont des agents bioconverteurs efficaces, se nourrissant de déchets organiques. Les farines protéiques et les huiles produites après extraction sont utilisées en alimentation animale ou en « pet food » permettant de formuler des aliments avec des valeurs nutritives au moins similaires à celles des aliments conventionnels comprenant des ingrédients comme le soja et la farine de poisson.

Pour assurer la viabilité et la productivité à long terme, la gestion de la diversité génétique des populations de BSF en entomoculture est cruciale afin d'atténuer les effets négatifs de la consanguinité. Récemment, une étude de génétique des populations[1] a montré une perte significative de la diversité génétique des populations captives de BSF par rapport aux populations sauvages ancestrales ; avec l’identification des premières preuves provisoires d'un accouplement assortatif positif et d'une polyandrie génétique chez les BSF. Mais, malheureusement, les données utilisées dans cette étude (marqueurs microsatellites peu polymorphes) ne permettent pas de : (1) consolider l’existence des phénomènes de polyandrie/polygynie et (2) quantifier la fréquence de ces phénomènes chez la BSF. Or l'estimation précise des contributions gamétiques maternelles et paternelles, dans chaque descendance de populations de BSF, est cruciale pour la mise en place de programmes efficaces d’amélioration génétique chez l’espèce.

L’objectif de ce stage est de développer un panel d’assignation de parenté à partir des données de polymorphisme hautes densités (SNPs) récemment développées sur la BSF[2] et d’utiliser ce panel pour caractériser les contributions paternelles et maternelles (utilisation des méthodes d’exclusion et de probabilité) au sein des descendants issus de quelques familles de BSF. Les résultats de ce stage contribueront à l'établissement de stratégies de gestion génétique efficaces pour l'élevage de BSF, assurant ainsi la durabilité à long terme de cette filière industrielle naissante.

Le (la) stagiaire sera entouré(e) des généticiens du SYSAAF pour l’aider dans la génération/compréhension des données et dans leurs analyses et interprétations. Les deux sociétés industrielles de production de BSF (INNOVAFEED & AGRONUTRIS), impliquées dans ce projet fourniront non seulement les échantillons de familles de BSF à génotyper, mais viendront également en appui sur les aspects relatifs à la biologie/zootechnie de l’espèce.

Structure d’accueil :

Le stage sera réalisé au SYSAAF, Centre INRAE - Val de Loire, Unité Mixte de Recherche – Biologie des Oiseaux et Aviculture, 37380 Nouzilly.

Le SYSAAF a une activité de "Centre technique" dont la mission est d’apporter un appui technique à la sélection génétique d’une 30aine d’espèces avicoles, aquacoles et entomocoles auprès d’une 40aine d’entreprises de sélection et/ou de gestion de populations (www.sysaaf.fr). Pour exercer cette activité officielle, le SYSAAF bénéficie d’une délégation de mission de la part de l’institut technique ITAVI, autorisée par les services du Ministère en charge de l’Agriculture, sur avis favorable de la Commission Nationale d’Amélioration Génétique (CNAG).

Profil et compétences recherchées :

De formation Master ou Ecole d’ingénieurs en biologie/agronomie ou disciplines connexes, le (la) stagiaire devra avoir compétences suivantes :

- génétique animale ou végétale
- bioinformatique (analyse des séquences)
- tests d’hypothèses statistiques classiques avec le logiciel R
- autonomie, rigueur au travail, capacités de synthèse, d’analyse de données et rédactionnelles, ainsi qu’un bon relationnel
- anglais technique et scientifique

Avantage :

Outre la rémunération au tarif réglementaire de 3,90€ par heure travaillée sur une base de 35h hebdomadaire (600,60€ mensuel), le (la) stagiaire aura accès au restaurant d’entreprise (tarif négocié) ainsi qu’à la navette de déplacement Tours-Nouzilly-Tours disponible pour les agents travaillant sur le centre INRAE Val de Loire de Nouzilly.

Durée et date de début : 6 mois, à partir de février 2022


Références

[1] Hoffmann, Lelanie, Kelvin L. Hull, Anandi Bierman, Rozane Badenhorst, Aletta E. Bester-van der Merwe, and Clint Rhode. 2021. "Patterns of Genetic Diversity and Mating Systems in a Mass-Reared Black Soldier Fly Colony" Insects 12, no. 6: 480

[2] Donkpegan A., Guigue A., Boulanger F-X., Brard-FuduleaS., Haffray P., Sourdioux M., and Rouger R. (2021). High-density SNP development in black soldier (Hermetia illucens L.) via throughput DNA Pool Sequencing. sciencesconf.org:eags-2021:373268

Candidature

Procédure : Les candidatures (joindre impérativement une lettre de motivation à votre CV) devront être transmises à Armel Donkpegan, Chargé de projets sélection entomocole au SYSAAF (armel.donkpegan@inrae.fr), avec copie à Alexandra Guigue (alexandra.guigue@innovafeed.com) et François-Xavier Boulanger (fx.boulanger@agronutris.com)

Date limite : 1 février 2022

Contacts

Armel Donkpegan

 arNOSPAMmel.donkpegan@inrae.fr

Offre publiée le 10 novembre 2021, affichage jusqu'au 1 février 2022