Ingénieur Bioinformaticien Diagnostic NGS maladies rares

 CDD · IE  · 12 mois    Bac+5 / Master   CHU Angers · Angers (France)

 Date de prise de poste : 6 janvier 2022

Mots-Clés

NGS génétique santé

Description

Description du poste:

Avec plus de 8 000 pathologies répertoriées, les maladies rares constituent un groupe large et hétérogène de pathologies. Elles sont individuellement rares mais collectivement fréquentes, avec plus de 30 millions de personnes atteintes en Europe, dont 3 millions en France. 80 % d’entre elles sont d’origine génétique. Identifier la cause génétique d’une maladie rare est une étape essentielle pour la mise en place d’un suivi médical adapté, la prévention des complications, l’élaboration de stratégies thérapeutiques personnalisées et le conseil génétique. Les nouvelles techniques de séquençage à haut débit ont permis d'améliorer ce diagnostic génétique mais elles nécessitent la mise en place, l’utilisation et le support de pipelines et d’outils d’analyses dédiés. Les différents centres de référence « maladies rares » sont à la recherche d’un(e) bioinformaticien(ne) pour assurer l’analyse, le développement et le support bioinformatique des données générés par le NGS utilisées pour le diagnostic.

Missions :

  • Analyse in silico de données de NGS (panels, WES, RNAseq)
  • Aide à l’interprétation des résultats NGS
  • Gestion et développement d’outils et pipelines dédiés aux problématiques des centres de référence
  • Support et formation bioinformatiques à destination des différents biologistes et cliniciens

Profil recherché :

  • Titulaire d'un diplôme de master 2, d'ingénieur ou d’un doctorat en bioinformatique.
  • Expérience dans l’analyses de données NGS.
  • Maîtrise des outils bioinformatiques et base de données liés au NGS.
  • Développement et maintenance de pipelines d’analyses.
  • Bon niveau en programmation (Python, Bash …).
  • Connaissance sur les framework Django ou Flask serait un plus.
  • Connaissances en diagnostic génétique et en biologie moléculaire.
  • Connaissances sur des gestionnaires de pipelines tels que Nextflow ou Snakemake.
  • Utilisation de gestionnaire de version (GitLab/GitHub).
  • Savoir travailler en autonomie, s’intégrer dans une équipe pluridisciplinaire et communiquer.

Candidature

Procédure : Si vous êtes intéressé, vous pouvez nous envoyer votre CV et une lettre de motivation aux adresses suivantes : Pierre.Gueracher@chu-angers.fr et ViProcaccio@chu-angers.fr avant le 17 décembre 2021. Pour une prise de fonction au cours du mois de janvier.

Date limite : 17 décembre 2021

Contacts

Pierre Gueracher / Pr Procaccio Vincent

 PiNOSPAMerre.Gueracher@chu-angers.fr

Offre publiée le 16 novembre 2021, affichage jusqu'au 31 décembre 2021