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Description

Stage BAC+5 - Data Science (F/H) Localisation: Marcy l'Etoile, France Type de Contrat: Stage Fonction: Bioscience R&D Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis plus de 55 ans, bioMérieux conçoit, développe, produit et commercialise des solutions de diagnostic (systèmes, réactifs, logiciels et services) destinées à des applications cliniques et industrielles, qui déterminent l'origine d'une maladie ou d'une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs. bioMérieux est présente dans 44 pays et sert plus de 160 pays avec un large réseau de distributeurs. Elle réalise plus de 90 % de son chiffre d'affaires à l'international. Son siège social se situe à Marcy l’Étoile, près de Lyon. Rejoindre les équipes de bioMérieux, c’est choisir une société innovante avec une vision long terme, engagée au service de la santé publique et portée par une culture d’entreprise humaniste. bioMérieux recrute chaque année environ 170 candidats en stage pour les accompagner dans la réussite de leur diplôme. Chaque stagiaire est accompagné par un tuteur expérimenté et formé, et bénéficie d’un suivi lors de son stage via des outils spécifiques. Vous souhaitez contribuer à sauver des vies, partout dans le monde ? Rejoignez les 13 000 collaborateurs de bioMérieux ! Notre site de Marcy L'Etoile recherche un(e) stagiaire qui évoluera au sein du département Data Science Sujet du stage: Développement d'algorithmes pour la détection de transmissions bactériennes Votre mission chez bioMérieux La surveillance des épidémies d’infections nosocomiales est un enjeu majeur de santé publique à l’heure actuelle où la proportion d’infections résistantes aux antibiotiques augmente chaque année. Aujourd’hui, cette surveillance est principalement menée par les équipes d’hygiène hospitalière, réalisée manuellement dans de nombreux groupements hospitaliers, et se concentre principalement sur un petit nombre de pathogènes de grande importance. Cependant ce travail peut être lent, fastidieux et potentiellement passer à côté d’épidémies sous-jacentes de pathogènes de moindre importance qui pourraient indiquer un besoin de renforcement des mesures d’hygiène hospitalière dans un service par exemple. Le projet auquel ce stage se rattachera a pour but de développer un système de surveillance automatisée des infections nosocomiales à l’échelle d’un groupement hospitalier avec les Hospices Civils de Lyon comme premier terrain d’application. L’étape clé de ce projet est la détection de transmissions bactériennes entre patients et la définition d’un indicateur de transmission spécifique à chaque service qui pourra être monitoré au cours du temps. La détection des transmissions se fera uniquement à partir de données disponibles générées en soin courant tels que des antibiogrammes, ou encore des résultats d’identification obtenus par spectrométrie de masse. La spectrométrie de masse est une technique utilisée pour l’identification bactérienne. Cette technique permet d’identifier et quantifier les molécules présentes dans une bactérie, créant ainsi une « empreinte digitale » (fingerprint) de cette bactérie sous la forme d’un spectre de masse. Ce spectre est ensuite utilisé pour caractériser l’espèce à laquelle appartient cette bactérie. Le stage portera la distinction de différentes lignées intra-espèce à partir de spectres de masse, pour permettre la détection de clones qui ont été transmis dans une population de patients. Il s’agira de développer des modèles permettant de discriminer ces différentes lignées au sein d’une même espèce afin de détecter les transmissions entre patients. Il sera aussi envisageable de développer et comparer des algorithmes de monitoring de ces transmissions au cours du temps. Détails des missions : • De concevoir et spécifier des algorithmes de détection et de classification de ces différentes lignées, ainsi que les modèles de détections d’évènements dans des séries temporelles ; • D’implémenter ces algorithmes, de tester ces implémentations sur les jeux de données et d’analyser les résultats obtenus et d’émettre un avis critique sur le potentiel des méthodes testées ; • De partager les connaissances au sein des équipes projets et dans le département Data Science, en particulier avec les groupes d’Excellence Fonctionnelle concernés. Qui êtes-vous ? • Vous préparez une formation de niveau BAC+5, vous êtes actuellement en Master ou en Ecole d’Ingénieur, avec une spécialisation en Data Science, Machine Learning, ou en Mathématiques Appliquées. Vous disposez d’une expérience solide en Analyse de Données. • Vous êtes capable de programmer efficacement, tout en veillant à ce que votre code soit évolutif et facilement réutilisable. Vous êtes à l’aise avec un langage de programmation pour l’implémentation algorithmique : Python, Matlab et/ou R. • Vous êtes autonome, rigoureux (se), et faites preuve d’une curiosité technique et scientifique. • Vous avez le sens de la communication écrite et orale dans un environnement multidisciplinaire. • Vous parlez couramment anglais et êtes en mesure de réaliser de la documentation dans cette langue. • Vous êtes intéressé(e) par le domaine des biotechnologies et des sciences du vivant. Durée du stage : 6 mois idéalement à partir de février La gratification mensuelle pour un stagiaire est attribuée dès un mois de présence. Le montant de la gratification dépend du niveau de formation de l’étudiant et est supérieure au minimum légal. Les + : - Restaurant d’entreprise avec participation de l’employeur. - Remboursement de 100 % de l’abonnement de transports en commun ou indemnité de transport. - Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy et La Balme. S’engager chez bioMérieux, c’est se projeter à long terme au sein d’une entreprise pionnière, visionnaire et en croissance qui permet à ses collaborateurs de vivre une expérience stimulante et enthousiasmante, dans une ambiance de travail épanouissante. Contribuer à améliorer la santé publique partout dans le monde : une mission qui donne du sens à tous les métiers exercés dans l’entreprise !