Mots-Clés

Bioinformatique bases de données multi omiques interopérabilité curation microbiologie antibiorésistance

Description

Bioinformaticien•nne en gestion de données sur l’antibiorésistance H/F

Informations générales

Lieu de travail : Faculté de médecine Bichat, 16 rue Henri Huchard, 75018 Paris

BAP A : Sciences du vivant, de la terre et de l'environnement Emploi type : Ingénieur biologiste en analyse de données

Quotité de travail : Temps complet

Niveau d'études souhaité : Thèse d’Université

Expérience souhaitée : 1 à 4 années

Contexte de travail + Missions

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; france-bioinformatique.fr) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 36 plateformes et équipes régionales de bioinformatique, et une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601).L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).

L'IFB a pour missions :

1. De mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …),

2. De répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins ;

3. D'anticiper les futurs développements du domaine ;

4. D'assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ;

5. De favoriser l'engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ;

6. D'assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel.

L'IFB est impliqué dans plusieurs projets applicatifs nationaux d'envergure dans différents domaines des Sciences de la Vie et de la Santé dont le projet ABRomics qui vise à développer une plateforme numérique intersectorielle sécurisée One Health pour rendre accessibles les données de (méta)génomique des maladies infectieuses bactériennes et leurs métadonnées cliniques et épidémiologiques associées à un méta-réseau de chercheurs de 44 équipes comprenant des épidémiologistes, des microbiologistes cliniques, des bioinformaticiens et mathématiciens et la communauté de recherche au sens large (https://www.france-bioinformatique.fr/actualites/abromics-une-plateforme-numerique-sur-la-resistance-antimicrobienne-pour-stocker-integrer-analyser-et-partager-des-donnees-multi-omiques/).

La plateforme répondra à deux objectifs principaux :

- Établir un référentiel de données microbiologiques multi-omiques structurées, interopérables, normalisées et bien annotées, d'origine humaine, animale et environnementale, avec des outils mathématiques et bioinformatiques adaptés permettant de répondre à des questions de recherche liées à l'antibiorésistance qui ne pourraient pas être abordées sans une telle plateforme.

- Mettre en place une plateforme partagée pour faciliter la surveillance de l'antibiorésistance en médecine humaine et vétérinaire, y compris les isolats environnementaux et alimentaires, afin de permettre la surveillance de la transmission et des épidémies d'agents pathogènes en temps quasi réel, avec des résultats exploitables par les autorités de santé publique.

Les procédures de gestion des données FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) permettront des études rétrospectives.

La combinaison de ces deux objectifs est unique à ABRomics: en reliant l'investigation de terrain dans de multiples secteurs à la recherche fondamentale, nous pourrons aborder les problèmes cliniques et environnementaux les plus urgents en utilisant un arsenal actualisé d'outils mathématiques et bioinformatiques.

Conformément à ces deux objectifs, ABRomics fournira un outil unique de stockage et d'analyse des données aux diverses communautés qui s'attaquent au problème de la résistance aux antibiotiques.

Dans ce but, nous recrutons un*e Bioinformaticien•nne en gestion de données sur l’antibiorésistance.

Missions

La mission globale du poste est en lien direct avec la conception et le développement du Data Warehouse de la plateforme ABRomics qui sera hébergée sur l’infrastructure numérique de l’Institut Français de Bioinformatique (www.france-bioinformatique.fr), co-porteur du projet ABRomics.Le développement de cette plateforme numérique sera assuré par une équipe incluant des compétences en DevOps, développement de bases de données et de logiciels, gestion des données et analyse des données.

Activités

Activités principales

- Collecte et gestion de données de sources variées et hétérogènes sur l’antibiorésistance, assurer la qualité et l’intégrité des données cliniques et -omiques (utilisation des principes FAIR)

- Garantir la bonne organisation des données du projet pour leur usage et leur traitement, leur exploitation optimale par des outils de visualisation, et leur stockage (flux des données).

Activités associées

Plus spécifiquement, les tâches du poste seront de :

- Avec le support des experts de l’antibiorésistance d’ABRomics, identifier les bases de données les plus pertinentes relatives à la résistance aux antibiotiques, à la virulence, à la détection des plasmides et autres éléments mobiles, à la prédiction du sérotype et du typage moléculaire et aux mutations associées à la résistance aux antibiotiques

- Collecter les génomes et métadonnées des souches bactériennes pathogènes disponibles dans les banques ou/et bases de données publiques, correspondant aux génomes de référence pour ABRomics.

- Améliorer et conserver les connaissances sur les gènes de résistance sur la base des travaux antérieurs et des compétences du consortium.

- Définir des processus pour les mises à jour automatique du contenu de l'entrepôt de données en fonction des mises à jour des bases de données collectées

- Mettre en place les processus pour l'interopérabilité d’ABRomics avec les ressources d’intérêt qui ne seront pas intégrées à l’entrepôt de données.

Compétences

Connaissances

- Systèmes d’information et conception de bases de données relationnelles

- Outils ETL (Extract, Tranform, Load) et langages de requêtes SQL & NoSQL

- Biologie : connaissance en microbiologie (idéalement sur la résistance aux antibiotiques)

- Langue anglaise : B2 à C1

Savoir-faire

- Bioinformatique: utilisation des méthodes d’analyse de génomes, du logiciel R pour les analyses statistiques et la génération de graphiques, etc.

- Programmation : pratique de langages de programmation (par exemple Python)

- Rédiger des documents scientifiques : rapports, revue de la littérature dans le domaine de la microbiologie - Présenter des résultats en Français et en Anglais

Aptitudes

- Compréhension des architectures et environnements techniques sous Linux

- Sens de l'organisation : intégration au sein d'une unité de recherche,

- Sens relationnel : travail en articulation avec différentes équipes de recherche et les différents profils de postes impliqués dans le projet ABROmics

- Autonomie, sens de l’initiative

Expériences souhaitées

- Expérience dans la conception et la gestion de bases de données

- Analyse de données de génomique microbienne

Informations complémentaires

La personne s'intégrera dans son équipe d'accueil, et participera, sur site et/ou en télétravail, aux groupes de travail de l'IFB et du projet ABRomics pertinents pour sa mission. Horaires pouvant varier selon la tenue de réunions. Des missions sont à prévoir avec les partenaires du consortium ABRomics pour maintenir la cohérence des développements de la plateforme qui sont réalisés sur différents sites, et assurer un encadrement optimal du candidat.