Mots-Clés

RNA-seq Immunologie programmation pipeline

Description

Analyse d’un grand jeu de données RNA-seq du projet « Milieu Intérieur » coordonné par l’Institut Pasteur

Le projet Milieu Intérieur (https://www.milieuinterieur.fr/en/about-us/the-milieu-interieur/) a pour objectif de mieux comprendre la variabilité inter-individuelle dans les réponses immunitaires. Pour cela, une cohorte de 1000 individus a été établie et des échantillons de sang ont été prélevés pour caractériser les variants génomiques et les proportions de cellules sanguines circulantes chez ces individus. Des échantillons de sang ont également été mis en présence de différents inducteurs (bactériens, viraux, fongiques, ect…) de la réponse immunitaire pour caractériser les différences inter-individuelles d’expression des gènes au niveaux transcriptomiques et protéomiques. L’analyse et l’intégration de ces données, notamment de nouveaux jeux de données RNA-seq disponibles au laboratoire, feront l’objet du stage de l’étudiant, qui sera encadré par Dr. Violaine Saint-André, au sein de l’équipe d’Immunologie Translationnelle de l’Institut Pasteur, dirigée par Dr. Darragh Duffy (https://research.pasteur.fr/en/team/translational-immunology/). L’institut Pasteur est une entreprise privée à but non lucratif. Ce stage est adapté à un(e) élève Ingénieur(e) de dernière année ou étudiant(e) en M2 bioinformatique. L’étudiant(e) aura notamment pour objectif de contribuer au développement d’un pipeline d’analyse de données RNA-seq pour pouvoir l’appliquer à plusieurs centaines d’échantillons, et sera formé(e) à l’utilisation du cluster de calcul haute performance de l’Institut Pasteur. Merci d’envoyer votre CV et email de présentation ou toute question relative à ce stage à : violaine.saint-andre@pasteur.fr