Ingénieur / Développeur Front-end

 Stage · Stage M2  · 6 mois    Bac+5 / Master   CEA/CNRGH · Evry (France)

Mots-Clés

Genomique Séquençage Développement Front-end Multi-omiques

Description

Sujet : Conception d’un dashboard dédié à la visualisation de données multi-omiques des grands projets de séquençage.


Contexte:

Le Centre National de Recherche en Génomique Humaine (CNRGH), localisé au sein de la Genopole d'Evry, a comme objectif principal de faire avancer la recherche en génétique des maladies humaines. A cette fin, le CNRGH a développé des laboratoires et des plateformes technologiques de pointe en génomique. Les technologies disponibles au CNRGH vont des plateformes de génotypage à haut débit aux plateformes de séquençage de nouvelle génération. Les activités incluent des études d'association génome entier, la transcriptomique, l’épigénétique, la génomique fonctionnelle et le séquençage de génome complet ou ciblé.

La quantité des données et variétés des sources expérimentales nécessitent aujourd'hui la conception de solution permettant l’intégration, la visualisation et l’interprétation des résultats.

Dans ce contexte, ce stage aura pour mission d’intégrer des données issues des bases de données publiques (ex: TCGA) associées à différentes sources expérimentales (données cliniques, profils de variants, expression du transcriptome, analyse d’enrichissement, méthylation et régulation).

A terme, ce travail aura pour but de proposer une solution intégrée de consultation des données et résultats d’analyse multi-omiques dans les cadres des projets collaboratifs du CNRGH pour accompagner les activités de recherches du centre.

Mission (s) de l’apprenti 

L’étudiant, sur la base des technologies employées et développements réalisés au sein du laboratoire,  sera en charge de la conception d'une ou plusieurs fonctionnalités parmi les suivantes :

1) La conception d'un outil de consultation de données phénotypiques

2) L'intégration de résultats d’analyse d’enrichissement (gprofiler, gsea)

3) L'affichage de réseau d’intéraction/régulation générés par Cytoscape.

L'étudiant sera formé aux techniques de développement (gestion de projet git/GitLab). Les développements seront réalisés en Python (Dash, plotly). L'étudiant sera également formé aux outils et aux formats associés à l’analyse et l'annotation de données de séquençage. Il sera par ailleurs en interaction avec les équipes expérimentales du CNRGH pour le recueil des besoins, la définition du cahier des charges et l’évaluation de l’outil.


Références:

[1] TCGA: https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga

[2] Cytoscape: https://cytoscape.org/

[3] Gprofiler: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/

[4] Gsea: https://www.gsea-msigdb.org/gsea/

[5] Dash: https://plotly.com/dash/


Candidature

Procédure : CV et lettre de motivations devront être envoyés au contact du projet.

Date limite : None

Contacts

Vincent MEYER

 viNOSPAMncent.meyer@cnrgh.fr

Offre publiée le 25 novembre 2021, affichage jusqu'au 15 janvier 2022