Mots-Clés

single-cell RNA-Seq Intégration de données analyse transcriptomique développement d'outils

Description

GenoSplice (www.genosplice.com) est une société de services en bioinformatique, spécialisée dans l’analyse de données omiques et en particulier de données transcriptomiques.

Le RNA-Seq (« bulk RNA-Seq ») permet d’obtenir le transcriptome complet d’un mélange de cellules et permet d’accéder à la séquence des transcrits. Le séquençage de l'ARN en cellule unique appelé single-cell RNA-Seq permet de mesurer l'expression des gènes les plus exprimés seulement mais dans chaque cellule de l'échantillon. La technologie la plus souvent utilisée (10X Genomics) ne permet pas d’accéder à la séquence complète des transcrits. Le bulk RNA-Seq et le single-cell RNA-Seq sont donc deux techniques complémentaires pour les études transcriptomiques.

Il existe de plus en plus d’outils bioinformatiques pour prédire la composition cellulaires à partir d’échantillons de bulk RNA-Seq à l’aide de méthode de déconvolution (CIBERSORT, GEDIT, DeconRNASeq, MuSiC, deconvSeq…). De même, il existe également de nombreux outils pour annoter les clusters de cellules obtenus par single-cell RNA-Seq (singleR, SCSA, scCATCH, CellAssign…). Cependant il manque des outils qui permettraient d’intégrer plus finement des jeux de données bulk RNA-Seq et single-cell RNA-Seq à partir d’un même échantillon biologique. Cela permettrait notamment d’obtenir le profil transcriptomique complet à partir des données de bulk RNA-Seq de types cellulaires identifiés à partir des données de single-cell RNA-Seq.

Dans ce contexte, GenoSplice propose un stage dont les objectifs seront de :

- Faire l’état de l’art sur les outils bioinformatiques disponibles pour faciliter l’intégration entre les données single-cell et bulk RNA-Seq ;

- Etudier et implémenter certains de ces outils dans les pipelines de GenoSplice ;

- Participer au développement d’un nouvel outils d’intégration single-cell/bulk RNA-Seq.

Pour effectuer ce stage, GenoSplice recherche un étudiant de Master 2 en bioinformatique motivé avec de bonnes connaissances en bioinformatique et en programmation (la maîtrise de R, de SQL et d’un langage de script tel que Python ou Perl est impérative), ainsi qu’un intérêt pour la génomique et en particulier les analyses transcriptomiques. Les candidats désirant continuer leur carrière dans une structure privée telle que GenoSplice par la suite sont fortement encouragés à postuler. Ce stage est prévu pour une durée de 6 mois, commençant à partir du premier trimestre 2021, avec gratification. Les étudiants potentiellement intéressés sont encouragés à contacter GenoSplice pour toute question.