Le poste est financé par Inria dans le cadre de l'Action Exploratoire SLIMMEST : Apprentissage statististique du métabolisme du microbiote Intestinal dans le Temps et l'Espace. Il s'agit d'un projet collaboratif - bioinformatique, informatique, mathématiques - impliquant des scientifiques d'Inria et d'INRAE.

Le principal objectif de SLIMMEST est de résoudre un goulet d'étranglement numérique dans la modélisation spatio-temporelle du métabolisme associé au microbiote intestinal humain : le couplage entre les modèles du métabolisme à l'échelle génomique avec la dynamique de la communauté décrite par des modèles EDP (équations à dérivée partielle). La personne recrutée procurera de l'expertise en ingéniérie et développement logiciel dans le contexte bioinformatique et en particulier de la biologie des systèmes, la modélisation du métabolisme microbien et la modélisation à l'échelle de la communauté du métabolisme. Les missions seront notamment le développement d'outils bioinformatiques pour la modélisation et la simplification de réseaux métaboliques afin d'identifier les éléments clefs de l'écosystème. Ceux-ci seront utilisés par le postdoctorant du projet pour le développement de méthodes d'apprentissage et la construction d'un modèle EDP du microbiote intestinal.

La personne recrutée sera membre de l'équipe projet Pleiade, une équipe partagée en Inria et INRAE à Bordeaux. Pleiade est un groupe interdisciplinaire aux frontières de l'informatique, des mathématiques, de la biologie et de la bioinformatique. Un de nos objectifs principaux de recherche est de développer et valider de nouveaux modèles numériques et informatiques pour l'écologie microbienne afin de mieux comprendre les interactions complexes au sein des communautés de micro-organismes également appelés microbiotes.

Compétences techniques requises :

• Programmation Python
• Analyse de données (Python ou R)
• Rédaction scientifique
• Bonnes pratiques de programmation

Compétences techniques souhaitables mais non obligatoires :

• Compétences en bioinformatique / biologie des systèmes: modélisation du métabolisme ou domaine proche.
• Programmation par contraintes (Answer Set Programming)

Langues :

• Anglais pour la communication scientifique
• Anglais ou français pour le quotidien

Compétences relationnelles :

• Capacité à travailler en équipe
• Bonnes compétences de communication

• Restauration subventionnée
• Transports publics remboursés partiellement
• Possibilité de télétravail
• Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
• Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
• Accès à la formation professionnelle
• Sécurité sociale

Principales activés :

• Développement d'outils logiciels bioinformatiques
• Construction de réseaux métaboliques à l'aide de méthodes existantes, modélisation avec des techniques d'analyse de flux (Flux Balance Analysis FBA)
• Développement de méthodes permettant la simplification d'une communautés de réseaux métaboliques
• Application des outils développés aux données
• Analyse des résultats de métamodélisation par l'identification et la visualisation de fonctions métaboliques

Activités complémentaires :

• Rédaction d'articles scientifiques
• Collaboration étroite avec le postdoctorant du projet