Mots-Clés

metabolomique environnement banques annotation optimisation analyses

Description

Nous recrutons dans notre équipe, à Clermont Fd

Un ingénieur bioinformaticien pour la caractérisation du métabolome de micro-organismes par UHPLC/MSMS

Contexte

La plateforme d’exploration du métabolisme (PFEM) est une plateforme rattachée à l’Unité de Nutrition Humaine qui est une unité mixte de recherche de l’institut national de recherche pour l’agriculture et l’environnement (INRAE). La PFEM réalise des études métabolomiques grâce à des appareils de spectrométrie de masse et de résonance magnétique nucléaire (RMN). A ce titre, elle analyse différents types de matrices biologiques telles que les fluides humains (comme le plasma et l’urine) mais aussi des extraits du métabolome de micro-organismes.

L’étude des communautés microbiennes et de leurs interactions avec leurs environnements, qu’ils soient aériens, aquatiques ou terrestres, est un domaine de recherche qui mobilise depuis plusieurs décennies la communauté scientifique. Au sein de notre plateforme, nous collaborons avec des chercheurs qui ont pour objectifs d’étudier les adaptations métaboliques d’une bactérie ou d’une communauté microbienne à des conditions de vie souvent extrêmes. Un des objectifs de la plateforme est d’optimiser le workflow d’analyse de micro-organismes par une approche de métabolomique non- ciblée, de la préparation d’échantillons à la mise en place d’une banque de données spécifique.

Missions

Dans le cadre d’un projet d’optimisation du workflow d’analyse de micro-organismes par une approche de métabolomique non-ciblée nous avons testé plusieurs protocoles d’extraction du métabolome de quatre micro-organismes. L’un des objectifs de ce projet est de déployer en routine plusieurs protocoles d’extraction de micro-organismes en fonction de leur environnement de prélèvement. Les échantillons vont être analysés par chromatographie liquide à ultra haute performance couplée à la spectrométrie de masse (UHPLC/TimsTOF, Bruker) avec deux colonnes, une de type C18 et une HILIC. Des standards de composés seront aussi analysés afin d’implémenter une banque de donnée.

Les missions du stagiaire seront donc de :

• Traiter les données afin de déterminer le(s) meilleur(s) protocoles d’extraction par micro- organisme
• Interroger, d’importer des banques de données de la littérature, les curer, les enrichir avec des identifiants InChI, HMDB etc.
• Identifier la liste de composés détectés pour chaque micro-organisme grâce à la banque de données et à la littérature

Compétences souhaitées :

Master 2 en bio-informatique ou (bio)chimiste avec des compétences dans le traitement des données

Être capable d’interroger une banque de données spectrales, connaissances dans le traitement de données métabolomiques

Autonomie, rigueur, organisation Capacité d’évoluer dans un environnement multidisciplinaire (Biologie, Chimie, Informatique) et d’interagir avec plusieurs personnes

Lieu du stage

PFEM : route de Theix, Saint-Genès-Champanelle, 63122

Période du stage

6 mois : début souhaité pour Février – Mars 2022 Le travail de stage fera l’objet d’une gratification journalière réglementaire d’un montant de 3,90 €/h et par jour de présence effective, soit environ 560 euros par mois. Modalité de restauration collective subventionnée.