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Bioinformatique Omiques FAIR

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Description du poste

Vous partagez les valeurs de l'interculturalité, le partage des savoirs, ou encore la préservation de l'environnement ? Rejoignez-nous !
Dans le cadre de son champ thématique stratégique « Une approche intégrée de la santé des plantes, des animaux et des écosystèmes », le CIRAD recrute un.e ingénieur.e bio-informaticien.ne.
Vous interviendrez pour appuyer des projets de recherche grâce à vos compétences en bio-informatique dans l'unité ASTRE « Animal, santé, territoire, risques et écosystèmes » (https://umr-astre.cirad.fr/), qui compte plus de 80 agents permanents rassemblant des compétences en microbiologie, épidémiologie, écologie, biostatistique et SHS.
Les activités de recherche de l'unité sur des maladies prioritaires animales et zoonotiques pour lesquelles elle est laboratoire de référence national ou international (UE, OIE) exigent une gestion des données permettant d'assurer leurs localisations, accessibilités, interopérabilités et réutilisations (démarche FAIR). Face à l'accroissement du volume de ces données obtenues à haut débit et des besoins d'analyse de l'unité, vos missions seront:

1/ D'assurer la gestion de l'ensemble des données de séquençage « omiques »

2/ De développer, centraliser et homogénéiser des pipelines d'analyses

3/ D'analyser les données « omiques » générées dans les projets.

Vous serez notamment impliqué dans les études d'écologie microbienne (virome & bactériome) chez les vecteurs, de phylogénomique d'agents infectieux (virus et bactéries) et d'identification de mécaniques de virulence et de marqueurs de protection.

Vous ferez bénéficier de vos compétences deux collectifs de l'unité, avec un temps partagé entre le Collectif Microbiologie de Montpellier dans lequel vous serez accueilli et le Centre de Recherche et veille sur les maladies Vectorielles dans la Caraïbe, situé en Guadeloupe. Vous devrez donc intervenir en appui et en transversal aux deux collectifs sur plusieurs projets de recherche. Vous serez en outre amené à faire des missions en Guadeloupe avec l'ambition de mutualiser les moyens et les approches entre ces deux collectifs.

Vous aurez également pour mission d'interagir avec les membres de l'unité en amont du montage des projets de recherche pour apporter des conseils techniques liés aux analyses bio-informatiques. En cours de projet, vous développerez et exécuterez des pipelines d'analyses ad hoc.

Vous serez également chargé de formations en bio-informatique auprès des membres de l'unité et des partenaires au Sud.

Enfin, vous accompagnerez les membres de l'unité via la production de rapport d'exécution d'analyse et de figures de qualité pour assurer la communication et la valorisation des résultats.

La rémunération est définie en fonction de votre expérience dans le métier et au niveau du diplôme. Vous bénéficiez d'un 13e mois, de possibilité de 8 jours/mois de télétravail après 6 mois d'ancienneté et d'horaires personnalisables.

Profil souhaité