Société Française de Bioinformatique

Mots-Clés

Genomique Nephrologie maladies rares exome

Description

Contexte : La polykystose rénale autosomique dominante (PKD) est la maladie rénale héréditaire la plus fréquente, avec une prévalence de 1/400 à 1/1000 individus. Cette maladie potentiellement létale se caractérise par le développement progressif de kystes rénaux aboutissant à la dégradation du parenchyme rénal et, pour la moitié des patients, à une insuffisance rénale terminale avant la 6e décennie. Cette maladie génétique pléiotropique se caractérise également par des manifestations extra-rénales sévères telles que des kystes hépatiques ou des anévrismes intracrâniens (AIC), complication fréquente et létale dans près de 50% des cas en cas de rupture. La prévalence des AIC chez les patients PKD est environ 5 fois plus élevée que dans la population générale avec 9-12% des patients présentant des AIC asymptomatiques (contre 2-3% dans la population générale). La prévalence varie de 6-8% en absence d’antécédents familiaux à 20-25% en cas d’antécédents familiaux qui correspondent au principal facteur de risque retrouvé dans la littérature (aucun effet du sexe, tabagisme, âge, de l’hypertension artérielle ou du niveau de l’insuffisance rénale décrit). Aucune étude exhaustive n’a à ce jour été menée pour révéler les facteurs génétiques sous-jacents à l’apparition d’AIC chez les patients PKD.

Objectifs de travail : Nous avons généré des données génomiques de type whole exome sequencing pour 58 patients PKD ayant développé un AIC, ainsi que pour des patients PKD non-atteints d’AIC et pour des contrôles. Le.la stagiaire aura pour mission d’analyser ce jeu de données à l’aide d’outils bioinformatiques (e.g. BWA, GATK, utilisation de SnakeMake et R) afin d’identifier les facteurs génétiques impliqués dans le développement d’AIC chez les patients PKD.