Mots-Clés

OPIDOR, FAIRdata

Description

Contexte de travail

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB ; https://france-bioinformatique.fr/) est une infrastructure nationale en biologie-santé qui fédère 35 plateformes régionales et équipes associées, ainsi qu'une unité coordinatrice, IFB-core (UMS CNRS 3601). L'IFB est également le nœud français de l'Infrastructure de Recherche européenne en bioinformatique ELIXIR (ESFRI).

L'IFB a pour missions : (1) de mettre en place un service national en bioinformatique, accessible à tous les chercheurs en sciences du vivant, sous la forme d'une infrastructure environnée (stockage, calcul, environnement logiciel, bases de données, serveurs Web nationaux, support aux usagers, accompagnement de projets, formations, …) ; (2) de répondre à l'évolution rapide des technologies et des besoins ; (3) d'anticiper les futurs développements du domaine ; (4) d'assurer la représentation des services bioinformatiques français au niveau international ; (5) de favoriser l'engagement des communautés des sciences du vivant dans les projets nationaux et internationaux associés à la bioinformatique ; (6) d'assurer le transfert des connaissances et technologies entre les laboratoires de recherche français et le monde industriel; (7) d'assurer le lien entre les activités des bioinformaticiens Français et celles de l'infrastructure européenne ELIXIR.

La France et l'Europe attaquent de front le grand chantier de la science ouverte, et une des facettes importantes de ce chantier est la gestion FAIR des données de recherche (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable). Le réseau Européen des infrastructures en bioinformatique ELIXIR, et l'Institut Français en Bioinformatique (IFB, qui est le noeud Français d'ELIXIR) abordent ensemble cette gestion FAIR des données pour les sciences du vivant: biologie et santé.
La gestion FAIR des données nécessite l'élaboration, pour chaque infrastructure et chaque projet, de plans de gestion des données (PGD ou DMP pour Data Management Plan). Ce document planifie le cycle de vie des données, et l'objectif à moyen terme est qu'il soit dynamique et capable d'enclencher des actions d'administration sur les infrastructures matérielles (“machine actionnable”).
Il n'existe que quelques outils qui permettent le déploiement de PGD, en particulier, DMP-OPIDoR et DSW. DMP-OPIDoR est développé par l'INIST (Institut de l'Information Scientifique et Technique) en tant qu'extension de la base de code DMPRoadmap, et devient largement utilisé en France et est recommandé par un nombre croissant d'instituts et d'organismes de recherche ; sa version qui sera bientôt publiée (fin 2021) est en partie modulaire et exploitable par la machine. En d'autres termes, on peut utiliser différents modèles de description des données en fonction du cas d'utilisation, et certains champs de données peuvent être remplis automatiquement ou leur valeur transférée automatiquement à d'autres systèmes. L'Europe et le réseau ELIXIR soutiennent de leur côté le système DSW (Data Stewardship Wizard) qui offre des fonctionnalités avancées pour élaborer de façon collaborative des modèles de plans de gestion des données.
L'intérêt général de la communauté scientifique est clairement de rendre interopérables les systèmes

Dans le cadre de ces missions, l'IFB (www.france-bioinformatique.fr) a entrepris de rendre interopérables les systèmes DSW et DMP-OPIDoR, afin de tirer le meilleur parti des deux outils, et permettre aux utilisateurs quel que soit leur niveau (data scientist, utilisateur final…) de pouvoir utiliser l'outil de leur choix et rendre leur travail disponible sur les deux systèmes.
Dans ce but, l'IFB recrute un•e ingénieur•e d'études afin de travailler en étroite collaboration avec différentes communautés: l'équipe de DSW, l'équipe de DMP-OPIDoR, et également les différents groupes de travail de l'IFB ayant des liens avec ce chantier très transversal. Cela requiert des qualités de communication, d'animation de réseau, une grande proactivité et une capacité à investir du temps et de l'énergie pour maintenir ces liens.
La personne recrutée sera affectée à l'UMS CNRS 3601 IFB-core.

Missions

- Assurer l'interopérabilité entre deux outils stratégiques qui assurent la mise en place de plans de gestions de données:
i) DMP-OPIDoR géré par l'INIST (CNRS), et ii) DSW géré par ELIXIR, le réseau Européen des ressources en bioinformatique.
- Participer à l'animation du réseau de collaboration autour de ces deux outils.

Activités

- Assurer l'interopérabilité entre DSW et DMP-OPIDoR
- Participer aux décisions concernant les formats d'import/export des modèles de PGD entre les différents outils
- Implémenter l'interopérabilité :
>Entre les deux outils, en utilisant les modèles d'échanges du RDA DMP Common Standard
>Entre les deux outils, en utilisant les dictionnaires de données de maDMP-OPIDoR
- Cette interopérabilité doit respecter des principes modulaires, et les impératifs du machine actionable
- Assumer un rôle actif dans le pilotage et l'organisation de ce chantier collectif impliquant l'IFB, DMP-OPIDoR et DSW
- Assurer la veille technologique autour des plans de gestions de données, et des outils permettant leur rédaction et leur implémentation

Compétences

Formation
- Formation Informaticien de niveau minimum Bac + 5 (Master, Master Pro, ingénieur, ...) ou expérience équivalente
- Une formation de bioinformaticien avec une forte composante en développement logiciel pourra également convenir

Expérience et aptitudes professionnelles

Expérience démontrée en programmation logicielle et web
- Expérience démontrée dans l'application des meilleures pratiques de codage
- Expérience démontrée de capacité de travail en équipe autant que de travail autonome
- Capacité de communication inter-disciplinaire effective : expérience démontrée dans le montage et l'entretien d'un réseau de collaboration entre différentes communautés d'intérêt
- Langue anglaise : B2 à C1 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Expérience et/ou connaissances additionnelles appréciées

Expérience dans le développement collaboratif de ressources ouvertes
- Connaissance et/ou intérêt dans la Science Ouverte
- Les candidats ayant différents niveaux d'expérience sont invités à postuler