Mots-Clés

framework pipelines infrastructure HPC kubernetes

Description

Ingénieur Hospitalier (Informatique, devOps)

Information générale

L’équipe bioinformatique du CHU de Lille répond aux projets d’analyse omics en générale et de séquençage haut débit en particulier du Centre de Biologie Pathologie Génétique. Au sein d’une équipe dynamique constituée de deux ingénieurs en bioinformatique et un ingénieur et deux techniciens en informatique, vous serez responsable du framework interne et de ses développements. Vous évoluerez avec les équipes médicales et techniques dans la mise en place de nouvelles solutions, la mise en production et la maintenance des applications bioinformatiques nécessaires à une meilleure prise en charge des patients. Vous serez au cœur de l’organisation et de la communication entre l’équipe informatique et l’équipe de bioinformatique.

Le Centre de Biologie Pathologie Génétique réunit dans un bâtiment unique plus de 900 personnels dédiés aux activités de biologie du CHU de Lille (https://biologiepathologie.chru-lille.fr/). 

L’environnement de calcul dédié à la bioinformatique est actuellement composé de 32 nœuds pour 1432 threads incluant 3 nœuds porteurs d’une carte DRAGEN (technologie FPGA). La partie stockage pour le calcul est un système DELL-EMC.

Ce recrutement est intégré dans un plan de recrutement global pour le développement de l’équipe bioinformatique. A terme l’équipe socle, pérenne, sera complétée à minima par un deuxième ingénieur en développement de logiciels et un troisième bioinformaticien. 

Le poste à pourvoir immédiatement est en CDI. 

Activités

- Conception, développement et maintenance du framework interne servant de socle aux pipelines d’analyses bio-informatiques. 
- Formation des équipes de développement aux bonnes pratiques DevOps.
- Définition et vérification du respect du cadre technique des pipeline bio-informatiques.
- Optimisation/Evolution de la CI/CD en place.
- Audits liés à la performance et à la sécurité.
- Participation à la mise en place/amélioration d’outils de suivi et de monitoring.
- Rédaction de la documentation de l’architecture.
- Participation aux études et aux choix des architectures.
- Veille technologique. 

Savoir-Faire

- Maîtriser l’environnement Linux (noyau, ligne de commande, outils, NFS …).
- Maîtriser les langages de programmations classiques (Bash, Java).
- Concevoir et modéliser une solution informatique à partir d'un besoin métier.
- Maîtriser les environnements de virtualisation, containerisation (Vmware, Docker, Singularity, Kubernetes).
- Maîtriser les concepts et outils liés aux déploiements d’applications (Ansible, Docker, …).
- Maîtriser l’outil de versionning Git dans l’environnement GitLab et maîtriser les concepts liés (CI, CD,…).
- Concevoir, administrer, optimiser une base de données (Postgresql, Mysql, NoSQL).

Savoir-Être

- Capacité d’écoute et de synthèse
- Travailler en équipe pluridisciplinaire
- Autonome
- Argumenter ses choix et actions
- Pédagogue et communicant
- Faire preuve d’innovation et de curiosité
- Sens de la qualité
- Qualité rédactionnelle

Autre

- Des connaissances en bioinformatique seraient un plus.
- Le poste est idéalement ciblé sur un ingénieur avec une formation initiale, soit dans l’administration des systèmes, soit dans le développement de logiciels et avec une expérience dans le domaine complémentaire. Des profils type L3 avec expérience sont également les bienvenus.