Mots-Clés

single-cell, transcriptome, pipeline automatisé

Description

Dans le cadre de l'ANR Labcom Microscale, l'UMR 6553 ECOBIO et la société Cellenion développent l'analyse de cellules bactériennes uniques (« single cell »). Dans son ensemble, ce projet vise à mettre en place de nouvelles recherches sur l'isolement et l'analyse génomique et transcriptomique de cellules bactériennes uniques, ainsi qu'à développer des kits de préparation et de traitement de matériel biologique et des outils bioinformatiques pour une valorisation commerciale des résultats. Dans ce cadre, la personne recrutée devra prendre en charge le volet bioinformatique du projet et développer des pipelines numériques pour l'analyse des données de séquençage générées. la personne recrutée devra développer différents pipelines initialement d'assemblage, d'annotation, puis de de comparaison de génomes et d'interprétation. Ces outils constituent une ressource essentielle pour le projet et visent à faciliter l'analyse des grands jeux de données obtenus. Ces pipelines devront être imaginés pour un usage par un public peu expérimenté en termes d'analyse bioinformatique