Mots-Clés

programmation base de donnée algorithmes analyse protéomique

Description

PRESENTATION

Dans le cadre du projet « Génodi-CY : Life Sound Design mis en place entre
CY Cergy Paris Université laboratoire ERRMECe Groupe MEC-uP et la société
Génodics. La personne recrutée sera en charge de créer un outil du type
du « BLAST » (The Basic Local Alignment Search Tool) voué aux homologies
non seulement structurelles mais aussi fréquentielles des protéines. L'outil se
veut collaboratif, il sera porté en association avec CY Cergy Paris Université.
L'objectif est qu'il devienne un site dédié à l'étude des homologies
fréquentielles, dont les résultats pourront être exploités pour développer la
connaissance des inter-relations entre métabolisme et bien sûr comme base

d'analyse pour le développement des applications par Genodics.
La personne recrutée fera une analyse des relations d'homologies
fréquentielles de protéomes complets (modèle végétal et modèle animal)
d'organismes dont le séquençage est le plus complet : Arabidopsis thaliana,
Pisum sativum, Homo sapiens

ACTIVITE

La personne recrutée se verra confiée la gestion du bloc de travail BT1
« Elaboration d’un outil d'étude des régularités et homologies fréquentielle
des séquences protéiques» du projet « GénodiCY Life sound Design » via la
mission de mise en place de l’outil collaboratif et de validation hors ligne et
en ligne de son fonctionnement. Calibrage de serveur / Eléments de sécurité /
Définition et création des bases de données
Elle participera à :
• L’élaboration du plan de travail et le modus operandi de l’environnement
numérique.
• La définition et création des algorithmes de recherche et la définition de
l'ergonomie de la restitution, en étroite collaboration avec les acteurs de la
société Génodics pour transformer la séquence en acide aminé d’une
protéine cible en séquence sonore.
• A la mise en place de la stratégie de stockage des données /administration
des données. Et participera à la rédaction du Plan de Gestion des Données
• La validation de l’outil et l’environnement numérique en coopération avec
les acteurs des phases expérimentales du projet à l’échelle des cellules en
culture et des organismes entiers.
• La comparaison des homologies fréquentielles Arabidopsis thaliana versus
Pisum sativum
• La comparaison des homologies fréquentielles Arabidopsis thaliana versus
Homo sapiens

DESCRIPTIF DES ATTENDUES

Les candidats doivent posséder un doctorat récent (moins de 2 ans) et une
compétence en recherche attestée par une publication ou un brevet en
premier auteur en lien avec le descriptif du poste. Les candidats devront
maîtriser les environnement informatique et numérique pour développer
l’outil informatique support du projet. Ils auront des connaissances
approfondies en programmation informatique, modélisation, création
d'algorythmes, gestion de grandes bases de données (big data), ainsi

qu'une expérience en gestion de serveurs et protection des données. Les
candidats devront attestés de bonnes connaissances en biochimie des
protéines ou en métabolisme en général dans l’idéal ils devront démontrer
de bonnes connaissances du métabolisme végétale en réponses à des
stress environnementaux. Ils feront preuves de qualités de travail en
équipe pluri-disciplinaire, d’autonomie et de bonnes capacités
managériales d’équipes et d’intégration dans un projet global. Ils devront
présenter leur capacité à maîtriser la gestion d’un bloc de travail (work
package) au sein d’un projet pluri-disciplinaire en particulier à travers leurs
aptitudes à gérer les risques. Une bonne maitrise de l’anglais sera un atout
important.

CONTEXTE

L’université CY Cergy Paris Université créée au 1er janvier 2020 par décret -n° 2019-1095 du 28
octobre 2019- est la fusion de l’université de Cergy-Pontoise, de la ComUE Paris Seine et de l’école
d’ingénieurs EISTI, l’ILEPS et l’EPSS sont intégrées en tant qu’établissements composantes. L’ESSEC
est associée par décret et intègre la gouvernance. CY Cergy Paris Université porte la compétence de
politique de site au sein de «CY Initiative». Elle représente 1 200 enseignants et enseignantschercheurs,
800 personnels administratifs et 24 000 étudiants répartis sur 14 sites.
CY Cergy Paris Université poursuit l’ambition d’être :
- Une université de la diversité fortement ancrée dans son territoire, soucieuse de la réussite de tous
les publics étudiants,
- Une université internationale de recherche développant une recherche académique de pointe,
- Une université actrice de la transition sociétale et environnementale, conjuguant le transfert des
connaissances vers la société (individus, entreprises, société civile) et la délivrance de formations
conçues pour permettre à chacun de participer à relever les grands défis du XXIème siècle.
Genodics sas a été créée en 2008 pour montrer la réalité de la « génodique » sur le terrain. 150
agriculteurs sur près de 2500 Ha utilisent aujourd'hui ce procédé. Elle revendique l'existence de
mécanismes ondulatoires au niveau de la synthèse des protéines, elle sait les reproduire et ainsi
développer des applications dans le domaine du vivant. Grace au Laboratoire ERRMECe de
l'université CY et notre partenariat avec lui depuis 8 ans, nous réalisons de nouvelles preuves de
concept et cherchons à appronfondir la connaissance sur ce sujet.